Кипрская проблема является одним из наиболее острых вопросов в отношениях между Турцией и Европейским союзом. Позиция Турции в защиту прав турок-киприотов была одной из главных причин блокирования переговоров о членстве Турции в ЕС на протяжении многих лет. Эта проблема, начавшаяся в 1974 году с введением на Кипр вооруженных сил Турции как страны – гаранта прав турецкого населения, привела к конфликту между греческой и турецкой общинами на Кипре.

5 декабря 2003 года премьер-министр Реджеп Тайип Эрдоган встретился с послами членов и кандидатов в члены ЕС в официальной резиденции премьер-министра на рабочем ужине. Эрдоган заявил, что турецкое правительство считает, что отношения Турции и ЕС не могут и не должны быть подчинены исключительно кипрскому вопросу, и добавил, что для урегулирования ситуации на Кипре необходима воля обеих сторон: «Обе стороны должны осознать, что урегулирование отвечает их интересам. <..> Мы надеемся, что саммит ЕС, который состоится на следующей неделе, рассмотрит политические связи, установленные Комиссией, таким образом, чтобы одновременно поощрить усилия по урегулированию ситуации на острове и не ослабить энтузиазм Турции в отношении продолжения реформ. <..> Не следует подталкивать турецкое общественное мнение к тому, чтобы из-за одного-единственного вопроса вновь начались обсуждения, является ли перспектива членства реальной или мнимой. Пожалуйста, позвольте нам не впасть в эту ошибку». Эрдоган в своей речи дипломатично намекнул, что нельзя ставить под угрозу весь процесс ради одного вопроса, иначе это может ослабить доверие и политическую волю Турции к дальнейшему сближению с ЕС.

Принятие Южного Кипра в ЕС в 2004 году, игнорирование положений Цюрихского и Лондонского договоров 1959 года (следовательно, международного права), а также турецкого присутствия на острове привели к тому, что кипрская проблема так и осталась нерешенной, а сложившаяся ситуация создала серьезный кризис доверия в отношениях с ЕС. Кроме того, появилось серьезное препятствие, поскольку Турция четко заявила, что не признает греческую администрацию Кипра, если та не прекратит изоляцию турецкого населения. В результате Турция обвинила Европейский союз в применении двойных стандартов.

В 2004 году, когда было предложено решение кипрской проблемы в рамках «Плана Аннана», Турция активно его поддержала. Турецкая община Северного Кипра также поддержала этот план, тогда как греческая – отвергла. Тем не менее Евросоюз не остановил процесс принятия Южного Кипра в ЕС. Турция постоянно заявляла о необходимости защищать права турок-киприотов, и это еще больше осложняло отношения Турции с ЕС, который оказывал давление на Турцию, чтобы она де-факто признала греческий Кипр и установила с ним дипломатические отношения. Вследствие политики, проводимой ЕС в отношении Турции, Эрдоган не только дистанцировался от переговоров о вступлении в Евросоюз, но и почувствовал себя свободнее, ориентируя турецкую внешнюю политику на Ближний Восток. Он начал сближение с соседними странами с мусульманским большинством на востоке и юге. Растущая «мягкая сила» Турции в регионе подготовила почву для постепенного отдаления Эрдогана от Запада, особенно от Европы.