После принятия решения представители христианских церквей и конфессий, прежде всего православных, осудили принятое решение. Некоторые православные лидеры охарактеризовали это событие как «второе завоевание Стамбула турками-мусульманами» или как «рост мусульманского фанатизма».

Патриарх Константинопольский Варфоломей I, духовный лидер около 250–300 миллионов православных христиан по всему миру, в конце июня заявил: «Решение о превращении Айя-Софии в мечеть приведет к тому, что миллионы христиан во всем мире станут воспринимать ислам с враждебностью».

Председатель Синодального отдела по взаимоотношениям Церкви с обществом и СМИ Московского патриархата Владимир Легойда выразил сожаление по поводу того, что «мнение миллионов христиан не было услышано». Глава Русской православной церкви Кирилл, патриарх Московский и всея Руси, еще до принятия решения выразил обеспокоенность, подчеркнув значение турецко-российских отношений и отметив, что такое решение может вызвать боль у российского народа и быть воспринято как угроза христианской цивилизации.

После окончательного принятия решения председатель Отдела внешних церковных связей Московского патриархата митрополит Волоколамский Иларион, подчеркнув необходимость уважения чувств верующих в многоконфессиональном мире, заявил следующее: «Это решение – удар по православным христианам, ведь для них Айя-София имеет такое же значение, как для католиков базилика Святого Петра в Риме». В эфире государственного телеканала митрополит Иларион напомнил, что напротив Айя-Софии уже находится мечеть Султанахмет, и отметил, что «в Турции нет нехватки мечетей, и данное решение является явно политическим».

После двух дней молчания папа римский во время воскресной мессы нарушил тишину и заявил: «Я думаю об Айя-Софии. Мне очень больно»[225].