Этот храм – один из немногих в городе, где в первозданном виде сохранились уникальные фрески XVII века. Их спас известный реставратор Пётр Барановский, который, в прямом смысле рискуя жизнью, помогал сохранить многие храмы в разгар антирелигиозных кампаний.

Точно известно, что деревянная церковь Спаса Преображения в XV веке уже стояла на нынешнем месте в Земляном городе – отсюда и пошло её название, «Спас на Городу». Недалеко от храма тогда начиналась рыночная площадь. До того, как Ярославль в XVIII веке перепланировал деятельный губернатор Мельгунов, эта территория была центром жизни, местом, «срединным для целого города»: здесь находились не только торговые ряды, но и харчевни, постоялые дворы, кузницы, амбары… Огромное число людей, ежедневно стекавшихся на площадь, посещало эту церковь.

Деревянный храм сгорел при «великом пожаре» во второй половине XVII века, и уже через сто лет на его месте возвели каменный. Изначально его строили по образу и подобию церкви Иоанна Златоуста в Коровниках, но после многочисленных перестроек храмы стали довольно сильно различаться. Росписи церкви – некоторые из них сохранились – делали ярославские мастера под руководством Лаврентия Севастьянова и Фёдора Фёдорова.

Храм Спаса на Городу очень сильно пострадал в 1918 году от обстрела: во многих местах стены были пробиты снарядами. В самый разгар антирелигиозного движения, осознавая всю опасность задуманного, реставраторы под руководством Барановского практически сразу отремонтировали здание – если бы не это, оно бы не сохранилось. Как и, впрочем, многие другие постройки в Ярославле: Спасо-Преображенский монастырь, Митрополичьи Палаты, церковь Петра и Павла…

Знаменитый архитектор и реставратор не только старался сохранить исторические здания в то страшное время, но и спасти церковные святыни. Тот факт, что, практически ежедневно рискуя собственной жизнью, Барановский сумел избежать худшего, можно считать чудом: несмотря на то, что его всё-таки арестовали и он провёл в лагерях три года, подвижник дожил до глубокой старости и умер в возрасте 93 лет.

А вот многие храмы, отреставрированные им во времена богоборчества, всё-таки не уцелели: часть из них взорвали через несколько лет после реставрации, другие были заброшены и разрушились сами… Печальная участь постигла и церковь Спаса на Городу: практически сразу после восстановления её закрыли, сбросили купола, а здание приспособили под склад.

Восстановление церкви началось в 1970-е: укрепили стены, устранили опасные трещины. Когда пришёл черёд реставрировать колокольню, мастера нашли в её кладке «подарок» времён революции – чудом не разорвавшийся трёхдюймовый снаряд. После завершения первых ремонтных работ в здании по-прежнему находился книжный склад – верующим храм вернули только в 2003 году.

Сейчас в церкви находится несколько реликвий: икона преподобного Серафима Саровского с частицей его мощей, старинный список с Ярославской иконы Богоматери и уникальный стенописный образ Спаса Вседержителя – реставраторы вырезали его со стены над входом в южный придел, и теперь он стоит перед иконостасом в киоте, украшенном современными ярославскими резчиками.