Название это стало очень популярным в бывшем Советском Союзе. Во многих больших и малых городах были свои «черемушки», районы массовой застройки, развернувшейся в 1950—1960-х гг. Московские Черемушки начались с экспериментального 9-го квартала, расположенного между проспектом 60-ле-тия Октября, улицами Шверника и Дмитрия Ульянова, где строительство проводилось под руководством архитектора Н. Остермана, и расположенных рядом 11-го и 12-го кварталов, ограниченных Новочеремушкинской улицей.
Но название Черемушки носит не только жилой район, а и старинная усадьба, которая еще сохранилась на Большой Черемушкинской улице (№ 25 и 28).
Название обязано речке, берега которой, очевидно, заросли черемухой. По документам начала XVII в. известно, что тут была пустошь, которую продали «в вотчину» Афанасию Прончищеву и дьяку Венедикту Махову. О последнем сохранились сведения в справочнике нашего известного историка С.Б. Веселовского: Махов Венедикт Матвеевич был при боярине князе Борисе Михайловиче Львове на Москве «у сыска и переписки царской казны», потом в посылке с государевым жалованьем ратным людям и кончил свою службу дьяком Поместного приказа. Другим владельцем Черемушек был также дьяк, но он имел чин думного дьяка, то есть занимал один из высших постов в бюрократической системе Московской Руси. Федор Федорович Лихачев с 1635 г., как раз после государевой опалы, получил Черемушки и владел ими до самой кончины в 1653 г. уже в чине печатника и думного дворянина. Впоследствии имение перешло к его внуку князю Петру Ивановичу Прозоровскому, который по завещанию царя Алексея Михайловича был воспитателем малолетних царей Ивана и Петра, а впоследствии выполнял важные поручения царя Петра. Рассказывают характерную для него историю, как Петр после поражения под Нарвой приказал переделать всю серебряную посуду и прочие вещи, хранившиеся в Оружейной палате, на деньги. Князь Петр ответил, что приказ выполнен, и прислал нововыбитую серебряную монету, а когда Петр, уже позже, сожалел, что нельзя украсить старинным серебром празднество, то Прозоровский сказал ему, что вещи все остались в Оружейной палате и что еще давно, будучи казначеем при его отце, он сберег знатную сумму, о которой никто не ведал. Петр расцеловал его и просил показать серебряные вещи. «Изволь, покажу, – ответил князь, – только не прогневайся, государь, с договором: не брать с собой Меншикова и не открывать ему сей тайны, а то он размытарит все остатки те».
Черемушки при Прозоровском стали процветать: там развели огороды, поставили скотный и птичий дворы, обстроили двор вотчинника, разбили большой фруктовый сад. Его наследник и внук Федор Иванович Голицын превратил хозяйственную усадьбу в загородную подмосковную, предназначенную для развлечений. Недаром сама императрица Елизавета Петровна посетила Черемушки: «…шествие иметь соизволили в село Черемоши, к господину генерал-майору князю Голицыну, где благоволили вечернее кушанье кушать, и во дворец прибыть изволили в первом часу пополуночи». При Ф.И. Голицыне, в 1735–1739 гг., в усадьбе появилась первая каменная постройка – церковь во имя Знамения. В конце XVIII в. Черемушки перешли к внуку петровского любимца Сергею Александровичу Меншикову, который возвел сохранившийся до наших дней дворец и совершенно преобразил всю усадьбу: перепланировал и увеличил парк и соорудил множество увеселительных и хозяйственных строений, из которых можно полюбоваться Конным двором напротив усадебных ворот.
После С.А. Меншикова Черемушки перешли к его сыну Николаю Сергеевичу, участнику многих войн. Он ушел в отставку полковником гвардии в возрасте 33 лет, был членом Московского императорского общества сельского хозяйства и много занимался обустройством своей подмосковной усадьбы: соорудил новые павильоны, устроил большой пруд, перепланировал сад, возвел второй этаж Конного двора.
Н.С. Меншиков умер в 1864 г., и через шесть лет Черемушки перешли к новым владельцам – процветающему фабриканту Василию Ивановичу Якунчикову. Усадьба потеряла свою дворянскую исключительность – новые хозяева старались и из нее извлечь прибыль. Они стали перестраивать и сдавать парковые павильоны под дачи, сад и оранжереи в аренду, а в парке устраивались публичные гулянья. Главный дом в 1890-х гг. был реконструирован.
Последним перед Октябрьским переворотом владельцем Черемушек был Николай Васильевич Якунчиков. В 1914 г. он открыл во флигеле дворца госпиталь. В 1920-х гг. Якунчиковы эмигрировали.
В усадьбе сначала поместился дом отдыха, а в 1945 г. ее отдали Институту теоретической и экспериментальной физики, основанному А.И. Алихановым в связи с атомной проблемой. Он первоначально назывался Лабораторией № 3 (№ 1 имел институт в Покровском-Стрешневе, где работал И.В. Курчатов), потом Теплотехнической лабораторией, и с 1957 г. под современным названием. В институте был построен первый ядерный реактор с замедлителем на тяжелой воде, а также протонный синхротрон на энергию до 7 млрд эВ.