Как сообщают летописные источники, Иван Грозный был в Вологде трижды. В первый раз – в 1545 году, во время путешествия по вологодским и белозерским монастырям. Это путешествие было за год до совершеннолетия Ивана Васильевича и за полтора года до его царского венчания.

О тогдашних, не во всём благочинных разъездах Ивана IV по монастырям Карамзин в «Истории Государства Российского» писал следующее: «Между тем Великий князь ездил по разным областям своей державы, но единственно для того, чтобы видеть славные их монастыри и забавляться звериною ловлею в диких лесах: не для наблюдений государственных, не для защиты людей от притеснений корыстолюбивых наместников. Окруженный сонмом бояр и чиновников, он не видел печалей народа и в шуме забав не слыхал стенаний бедности; скакал на борзых ишаках и оставлял за собою слезы, жалобу, новую бедность: ибо они, путешествия государевы, не принося ни малейшей пользы государству, стоили денег народу: двор требовал угощения и даров».

Во второй раз Грозный посещает город в 1565 году, в год учреждения опричнины. Города Вологда, Устюг, Тотьма и Вага с Вельским посадом были зачислены в числе других 20-ти в опричные города, и доходы с них стали поступать на «Государев обиход». Учитывая большое экономическое значение Вологды, ее роль в торговле со странами Западной Европы, Грозный намеревается сделать город опричной резиденцией. Сохранилось предание о намерении Ивана Васильевича сделать Вологду столицей Русского государства. Текст предания опубликован в сборнике Н.А.Криничной «Северные предания»: «Иван Васильевич хотел Вологду сделать столицей. Ему все мерещилась измена. Он уж и переехал туда. Стены были дубовые…»

С 1565 года в Вологде по распоряжению царя началось строительство каменных зданий и возведение городских укреплений, которым царь придавал большое значение. Так это событие фиксируется в Александре-Невском летописце, напечатанном в 1876 году в томе 3 Русской исторической библиотеки: «Царь и великий государь заложил град Вологду каменную и повелел рвы копать и подошву бити и на городовое здание к весне повелел готовить всякие запасы».

По сообщению местного летописца Николая Слободского, «Великий государь царь и великий князь Иван Васильевич в бытность свою на Вологде повелел рвы копать и сваи уготовлять и место очистить, где быть городским стенам намеченного здания».

В следующем году, как говорит летопись, «Великий государь Иван Васильевич повелел заложить град каменный».

В 1567 году Иван Грозный прибыл для осмотра городского строительства. Об этом приезде царя подробно рассказывается в Пинежском летописце. В частности сообщается, что царь приехал в Вологду в «праздник Христова воскресения», это вызвало недоумение вологжан, которые «после заутрени не ходили ко царю с яйцы здравствовать, и царь на них прогневался о том и велел биричу оповестить жителей Вологды: от церкви в домы не ходя и платья не сложа с себя, в коем к церквам пришли, сносить сваи дубовые в ров, что были готовлены на подошвы ставить в городскую стену. А в своё место никому слуги не подменить, ни стороною не наветь». Царское распоряжение было выполнено. Вологжане вышли на работы в великий праздник Пасхи. А после праздника, на той неделе, царь, как сообщает летописец, «казнил вологжан тако ж, как и в Новгороде». В рассказе Пинежского летописца отражён факт действительно происходящих в Вологде казней лиц, что подтверждает Синодик опальных царя Ивана Грозного. Исследователь Синодика Р.Г. Скрынников относил эти казни к весне-лету 1569 года.

Среди десяти перечисленных в Синодике лиц, казнённых в Вологде, названы три «плотника»: Неупокоя, Данило, Михаил. Возможно, что истинною причиной гнева царя явилось его недовольство ходом строительства кремля в Вологде.

По мнению исследователя Н.А. Казаковой, этот летописный рассказ представляет собой, скорее всего, народное предание, в котором подлинные факты приезда царя в Вологду, строительства в ней каменного кремля и казней вологжан причудливо переплетаются с вымыслом. В пользу высказанного предположения говорит сюжет рассказа, повествующий о конфликте между вологжанами и царём из-за стремления первых соблюдать благочиние в великий христианский праздник, и особенно текст царского повеления о выходе всех вологжан в этот праздник на строительные работы, сохранивший размер устной ритмической речи.

Известно, что в старину Вологда называлась Насон – городом.

Вот что было напечатано на страницах журнала «Народное благо» за 1903 год:

«Едет царь Иван Васильевич в Вологду. Рано утром подъезжает он к городу, видит: все спят. «Ну, – думает, – ещё рано, отъеду пока что», – и отъезжает. Приезжает в полдень – опять застаёт весь город спящим. Опять поворачивает Грозный назад. Въезжает в третий раз, – это уже вечером, – но опять та же история!

Разгневался царь на Вологду: «Что за городишко несчастный! Когда ни приедешь, – всё на сон!».

С тех пор и прозвище городу дано было «Насон».

В третий раз Иван IV жил в Вологде, как сообщает летописец, три года и пять месяцев, начиная с 1568 года: к этому последнему времени относятся строительство речного флота, прорытие речки Золотухи и возведение каменного соборного храма во имя Успения Богородицы.

«Лета 7076 (1568) Великий государь повелел соборную церковь во имя Успения Пречистой Богородицы поставить внутри города у архиерейского дому, и делали её два года».

Царь часто бывал на строительных работах, тщательно вникая не только в общий архитектурный план собора, но и в качество строительных материалов. Всё сделанное за день, на ночь покрывалось лубьём, и потому, по словам летописца, «оная церковь крепка на расселины».

Софийский собор был построен по образцу знаменитого Успенского собора в Московском Кремле, автор проекта которого Фиора-венти. Недаром проект Вологодского собора приписывается одному из русских учеников великого итальянского зодчего.

Архитектурно собор был закончен в 1571 году, когда Грозный неожиданно покинул Вологду. Внутреннее же устройство собора оставалось незаконченным целых 17 лет.

Конечно, у царя были свои государственные соображения, требующие его присутствия в Москве. Историки утверждают, что Грозный покинул Вологду в связи с набегом крымских татар на Москву. Но народная фантазия этот отъезд Ивана Васильевича переложила в предание.

Летописец сообщает: «Егда совершена бысть оная церковь и великий государь вшед видети пространство ея, и будто нечто отторгнуся от свода и пад, повреди государя во главу, и того ради великий государь опечалихся и повеле церковь разобрать. Но чрез же некоторое прошение преклонися на милость, обаче многия годы церковь была не освящена».

Это предание было переложено в историческую песню, записанную в Вологде в 19 веке. В 1842 году она была доставлена наставником Вологодской семинарии П.Н. Савваитовым редактору журнала «Московитянин» М. П. Погодину и в том же году напечатана в № 8.

Исследователь Н.К. Игнатов в 1897 году писал: «Вода реки Вологды издавна пользуется дурною славою, что совершенно естественно при свойстве почвы, над которой протекает река».

Однако народное предание связывает происхождение плохих качеств воды с пребыванием в городе Ивана Грозного, который «проклял город и его реку, и от того проклятия царского тряхнулась мать сыра-земля, на месте возвышенностей образовались топучие болота».

В журнале «Московитянин» сообщается и о предании, связанном с селом Говорово, что находилось под Вологдой. «На третьей версте к юго-западу от Вологды есть село Говорово, получившее будто бы это название по следующему обстоятельству: в одну из поездок в Вологду, царь Иван Васильевич Грозный был во время всего пути мрачен и не разговаривал с сопровождавшими его опричниками. Подъехав к месту, где стоит теперь село, царь заговорил и возникшее затем здесь селение получило прозвание Говорово».

Село теперь не существует. В 1970-х годах оно вошло в состав города. Оказалось, что предание не забыто жителями. «После того, как «нечто отторгнуся от своду и пад государю и повреди главу», лишился Иван Грозный дара речи и пошёл, куда глаза глядят. Кругом стоял тёмный лес. Неожиданно он наткнулся на сторожку, из которой вышел лесник. Царь пришёл в изумление и заговорил. И повелел государь основать здесь село и назвать его в честь такого удивительного события Говорово».

Есть и другой вариант текста предания. Царь отправился в Москву. Вечерело. Каретная дорога тянулась по речке Содеме. Раскинувшийся внизу город был виден как на ладони. Царь остановил свиту, повернулся и залюбовался прекрасным, в лучах заката, Насон-городом. И хоть сердит был Иван Васильевич, но красота уходящего дня пленила его душу. От этого сделался он необычайно разговорчивым. Часть свиты, и провожавшие царя знатные горожане расположились здесь на ночлег вместе с царём. После отъезда Грозного решили в этом месте обустроить селение. В честь доброго расположения великого государя назвали это место Говорово. На том месте, где по преданию стоял царский шатёр, была построена часовня. Позднее здесь появилась церковь, названная Говоровской.

С именем Ивана IV связано предание об основании церкви святого Феодора Стратилата, что находилась на правом нагорном берегу реки Вологды. Создана была церковь по повелению царя Ивана Васильевича Грозного. Во время пребывания в Вологде, он получил на том самом месте, где построена была церковь, известие о даровании ему Богом сына Феодора. Проникнутый чувством благоговения и благодарности к Всещедрому Отцу Небесному, царь сейчас же приказал на этом месте воздвигнуть храм во имя святого великомученика Фёдора Стратилата, в честь коего дано было имя новорождённому сыну царскому. Церковь эта в народе называлась царскою.

Вологодские историки утверждали, что это действительно было так, и что при церкви хранилась даже грамота, в которой ясно было обозначено это обстоятельство и сказано, чтобы этот храм существовал вечно. Но так как церковь эта во время большого пожара, бывшего в Вологде в 1769 году, обгорела и была полуразрушена, то, вероятно, тогда же погибла в пламени и эта любопытная грамота.

О Соборной горе существуют два предания. Одно из них говорит, что внутри этой горы в старину существовали тайники, в которых прятали церковные и другие драгоценности города при слухе о неприятельских нашествиях и что из этих тайников был тоннель под рекой Вологдой и затем подземный ход до Спасо-Прилуцкого монастыря.

Другое предание сообщает, что царь Иван Грозный, предполагая сделать Вологду своей столицей, хотел на этой горе построить свой каменный дворец, для которого будто бы и были внутри этой горы вырыты глубокие подвалы для хранения царской казны.

Предание это никакими историческими сведениями не подтверждено, но о существовавшем в Вологде деревянном дворце Грозного свидетельствуют писцовые книги времён царя Михаила Фёдоровича.

Этот деревянный дворец Грозного находился близ так называемой известковой горы. При дворце существовала домовая церковь во имя Богоотцов Иакима и Анны, писавшаяся в документах позднейшего времени «что у государя на сенях». На месте этой деревянной церкви в 1780 году была построена церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы.

На правом берегу реки Вологды рядом с Соборною горою, напротив кафедрального Воскресенского собора, находится известковая гора. Известковой она названа из-за обилия вырываемой тут извести, оставшейся, как говорит предание, от времени постройки начатых царем Иваном Грозным, но неоконченных каменных стен вокруг Вологды. На горе этой стоит церковь Александра Невского, до 1869 года именовавшаяся церковью св. Николая Чудотворца, основание которой относится к временам Ивана IV.

Толстый слой известкового камня лежал как в этой местности, так и на всем пространстве от реки Вологды до Владимирской церкви. Поэтому церковь св. Ильи Пророка называлась «что в каменьях».

Речка Золотуха также служит памятником пребывания Грозного в Вологде. Она вырыта по его повелению, как говорит предание, руками пленных татар, от которых получили своё название на южной стороне города Татарские горы, или места, где погребали этих пленных. «Золотуха» – потому что встала царю в золотую копеечку.

Известие о посещении Грозным Вологды мы встретили в книге Де-Ламартиньера «Путешествие в северные страны», изданной в Париже в 1671 году. Это сочинение удостоено Советом Московского Археологического Института золотой медали и опубликовано этим же институтом в 1912 году. Де-Ламартиньер пишет: «Царь послал однажды в Вологду приказ набрать меру блох и наложил штраф за то, что не набралось блох столько, сколько требовалось».