У 85 % пациентов с язвенным колитом и у 14 % пациентов с болезнью Крона обнаруживают первичный склерозирующий холангит. Это воспаление желчных путей. Другими проявлениями поражения печени и желчевыводящей системы являются аутоиммунный гепатит, желчнокаменная болезнь и жировой гепатоз. Причины такой взаимосвязи связаны с иммунным механизмом и системным воспалением. Изменяется проницаемость, в печень поступает много токсинов, вырабатывается большое количество провоспалительных цитокинов. В итоге в печени развивается воспаление и нарушается метаболизм.

Поражением перечисленных органов воспалительные болезни кишечника не ограничиваются. Вовлекаться в процесс могут практически любые органы и системы, вопрос только в том, с какой частотой. Редкими внекишечными проявлениями являются неврологические симптомы (3 %), воспаление поджелудочной железы (1,5 %), повреждение почек (1 %) и некроз костной ткани (0,5 %).

Причины вовлечения разных органов и нарушения метаболизма в организме не только аутоиммунные. Они также связаны с нарушением работы кишечника. Из-за воспаления в кровь попадает много токсинов. Из-за плохого пищеварения организм может недополучать некоторые вещества, например витамины. Развивается и дефицит микроэлементов. Постоянная потеря жидкости способствует образованию камней в почках. Сами препараты для лечения воспаления тоже далеко не безвредны. Многие из них вызывают побочные эффекты, например сульфасалазин нарушает всасывание фолиевой кислоты и может спровоцировать анемию, а глюкокортикоиды вызывают катаракту, глаукому и остеопороз, так как нарушают всасывание кальция.