Как уже упоминалось, исторически японская письменность сложилась благодаря комбинированному сочетанию китайской иероглифики и созданных на её основе знаков слоговой азбуки кана. Приобщиться к такого рода грамотности в основном имели возможность аристократы, священнослужители, конфуцианские учёные и дамы императорского двора. В то время как сочинения стихов вака сформировало уникальный стиль национальной японской письменности, китайское конфуцианство и буддизм способствовали развитию учёной грамотности, основанной на изучении письменных источников.

Прототипы высших учебных заведений существовали в Японии уже с начала установления системы Рицурё (VII в.). В столице они именовались дайгакурё, а в провинциях – кокугаку. Основными факультетами в них были: факультет изучения конфуцианской классики мёгёдо, факультет правовых дисциплин мёбодо, факультет китайской литературы и поэзии кидэндо и факультет искусства каллиграфии мондзёдо. Учёные степени проводивших там обучение наставников, известные как хакасэ, дзёкё, дзикико, примерно соответствуют современным званиям профессора, доцента и рядового преподавателя.

На факультете мёгёдо, специализировавшемся на китайской классике, изучались такие труды, как «Лунь Юй» («Суждения и беседы Конфуция в записках его учеников»), «Цзочжуань» (комментарий к древнекитайской хронике «Летопись весны и осени») или «И цзин» («Книга Перемен»). Примерно с середины эпохи Хэйан преподавание в столичных университетах взяли под свой контроль влиятельные аристократические кланы Накахара и Киёхара. Содержание занятий факультетов кидэндо и мондзёдо нередко пересекались друг с другом, хотя преподаватели мондзёдо, к которым в своё время относился, например, выдающийся учёный и представитель древнего аристократического рода Сугавара Митидзанэ, обладали большей властью и авторитетом, чем преподаватели кидэндо. К слову сказать, сам Митидзанэ однажды был даже понижен в должности из-за своих чрезмерно разросшихся полномочий. Известным фактом также является то, что преподавание на факультете мёбодо осуществлялось исключительно представителями кланов Саканоуэ и Накахара.

Так или иначе, практически все изучаемые в этих учебных заведениях дисциплины, базировались на конфуцианстве, и само расписание занятий было построено по китайскому образцу. Несмотря на то что в Японии, в отличие от Китая, не существовало особого государственного экзамена для чиновников, чтобы в полной мере овладеть всеми изучаемыми дисциплинами, студентам дайгакурё или когаку требовалось всерьёз проникнуться китайскими идеалами.

С другой стороны, в древней Японии буддийские храмы также выполняли функции учебных заведений университетского типа. В период Нара такими заведениями являлись школы Шести храмов Южной столицы (нанто рокусю).

Желающие обучаться в школах Санрон-сю и Дзёдзицу должны были отправиться к воротам храмов Ганго-дзи и Дайан-дзи, в школе Хоссо – храмов Кофуку-дзи и Якуси-дзи, в школе Кэгон – храма Тодай-дзи, в школе Риссю – храма Тосёдай-дзи, а в школе Куся-сю – храмов Тодай-дзи и Кофуку-дзи. Обучение в таких учебных заведениях можно сравнить с сегодняшним образованием в старшей школе или университете, за исключением того, что переступающим их порог, в первую очередь, конечно, преподавались основы буддизма, прививалось мировоззрение, основанное на учении Будды, а в качестве учебника языкознания и грамматики предлагались переведённые на китайский язык тексты буддийских сутр.

Позже, благодаря деятельности монахов Сайтё и Кукай, положивших начало эры расцвета эзотерического буддизма, одними из наиболее влиятельных религиозных центров Японии стали школа при храме Энряку-дзи, являвшегося главным храмом секты Тэндай, и школа при храме Кёо-гококу-дзи (То-дзи), главном храме секты Сингон, в силу чего многие ученики, ранее обучавшиеся при храмах Шести школ Южной столицы, «перепоступили» туда. Кроме того, Кукай содействовал развитию науки и искусства, основав Сюгэй сюти-ин – частную школу, где можно было получить как религиозное, так и светское образование, и к тому же была предусмотрена система питания.

Параллельное существование двух систем образования, основанных на принципах конфуцианства и буддизма, продолжалось довольно длительное время. При этом, в противовес тому, что школы для чиновников неизменно оставались в лоне конфуцианства, школы для простого народа постепенно разделились в соответствии с различными направлениями буддизма. Интересно, что когда школа при храме Энряку-дзи превратилась в огромный научный и образовательный центр (его авторитет в своё время можно было сравнить с современным Токийским университетом), некоторые обучавшиеся там студенты, бросали учёбу, и, не доучившись до конца, переходили к самостоятельной преподавательской практике. Гэнсин, автор сочинения «Одзёёсю» («Собрание сведений о перерождении»), Хонэн, написавший «Сэнтяку-хонган нэмбуцу-сю» («Собрание избранных произведений о нэмбуцу и главном обете Амитабхи») и Синран, мысли которого легли в основу труда «Таннисё» («Избранные записи скорбящего об отступничестве»), как раз были такими монахами-учёными, ставшими впоследствии духовными лидерами, просветлёнными новыми знаниями.

Пребывание в буддийском храме подразумевало уход из родного дома. Поэтому манаби в буддийском духе означало необходимость расставания с семьёй, что позже легло в основу характерно японского стиля обучения во многих других областях. Что касается школ при буддийских монастырях, то со временем они стали всё больше ориентироваться исключительно на поддержание и распространение принципов собственной религиозной догматики и постепенно перестали выполнять функцию учебных заведений базового типа. По этой причине, с наступлением эпохи Эдо, большинство вновь образующихся частных школ при формировании образовательного процесса стали отдавать предпочтение конфуцианству.