Едва Зосима принял должность митрополита, он написал письмо-приказ Геннадию, чтобы тот вторично исповедовал свою веру и подтвердил верность православию. Хитрость заключалась в том, что такая мера применялась не к архиепископам, а к лицам младших духовных санов, когда те подозревались в униатстве и поклонению Западу. Однако этим дискредитировать Геннадия не получилось.

Сам великий князь Московский, насторожившись появлением еретиков, согласился на проведение церковного собора, на котором ересь должна была быть повержена. Собор состоялся осенью 1490 года. Неожиданным стало… отсутствие на нём великого князя.

Не был допущен на собор и сам архиепископ Геннадий. Митрополит Зосима был рад его отсутствию. Он воспользовался этим, чтобы защитить самых высокопоставленных еретиков. Он часто приговаривал, что владыке лучше известны «ерестные дела». Сшили дело странно: наиболее важных свидетелей на собор не пригласили, а суду придали только новгородских малозначительных отступников от веры.

Для наблюдения за судебным процессом Иван III прислал князя Ивана Патрикеева (близкого друга Фёдора Курицына) и Андрея Майкова, члена секты и соратника Елены Волошанки. Московский князь, по-видимому, не знал, что назначил наблюдателями своих врагов.

Сам собор начался с того, что перед церковными иерархами и дьяками зачитали обличительные грамоты Геннадия. По ним выходило, что еретики не признавались, «запирались» и «хотели выйти из воды сухими». Но вдруг поднялся один из обвиняемых по имени Захар, монах псковского монастыря. За год до этого, узнав, что он подозреваемый, он сам начал обвинять Геннадия в ереси. Захар твердил, что при канцелярии новгородского архиепископа работает какой-то латинянин, монах доминиканец, «агент немецкий». В ответ Геннадий поручил своим людям заковать Захара за дерзость в кандалы и сослать подальше. Тогда в дело вмешался сам великий князь. Иван III приказал отменить кару и отправить Захара в Москву.

И вот теперь на суде этот Захар неожиданно вскакивает с лавки и кричит: «Я хулил Господа нашего Иисуса Христа, Пречистую Богородицу да великих святителей Петра и Алексея, на других святых мерзкие речи произносил». На лавках раздаётся гневный шёпот. Митрополит Зосима, который был начеку, кричит поперёк покаянной речи Захара и просит срочно вызвать свидетелей. Не договорив, Захар садится на место.

Специально подобранные Зосимой правильные свидетели своё дело знали и строго соблюдали указание: обвинять только новгородских еретиков, а о московских забыть! Похоже, что с Захаром со всем пристрастием накануне суда поработали инквизиторы Зосимы. В итоге бедолага взял всю вину на себя. Ну не Курицына же обвинять в самом деле?

Вдруг неожиданно заседание прерывается новостью: великий князь Иван Васильевич в отдельной избе желает видеть всех обвинителей и обвиняемых и сам лично допросить кое-кого. Запахло жареным: Зосима забеспокоился, что у князя есть информация о реальных московских еретиках-заговорщиках. Он задавал сам себе вопросы: «Зачем неожиданно на церковный суд прибыл великий князь? Хотел ли он убедиться, что свидетели ничего не говорят про Фёдора Курицына или Елену Волошанку?» Они не должны были фигурировать в драматургии, задуманной Зосимой. Он знал: своих выдавать нельзя даже взглядом.

Выслушав еретиков и свидетелей, Иван III не произнёс никакого приговора, только сказал Зосиме поискать, какие наказания можно учинить еретикам. Большинство еретиков Зосима от наказания избавил, отдав Геннадию лишь нескольких человек, никак не связанных с Курицыным. Так главные люди были выведены из-под удара.