В июле 2008 года в Крыму проходили совместные американо-украинские военные учения «Морской бриз». По плану военный корабль должен был высадить бронетранспортеры с десантом в районе озера Донузлав. Когда БТРы подошли к берегу, оказалось, что их встречают триста демонстрантов с красными знаменами Коммунистической партии Украины, советскими и российскими флагами и плакатами вроде «Долой натовцев из Крыма». Между десантниками и активистами начались стычки. Протестующие остановили несколько бронетранспортеров и спели песню «День Победы». «Сегодняшняя жалкая высадка десанта на западном берегу Крыма не удалась, потому что мы их встретили там, как в Сталинградском „котле“», — рассказал журналистам организатор акции, глава крымских коммунистов Леонид Грач.

Как минимум частью своего успеха протест на озере Донузлав был обязан тому, что коммунисты заранее знали точное время и место высадки. Много лет спустя Грач признался, что акция не состоялась бы без личной поддержки Патрушева: «Николай Платонович — единственный, кто реально не только глубоко видел развитие событий, которые привели к тому, к чему привели, но и реально внес свой личный вклад в то, чтобы мы могли здесь восстать. <…> Он понял первый, а остальные в игры играли».

Когда происходили события на озере Донузлав, Патрушев уже не был директором ФСБ. За два месяца до этого Владимир Путин передал президентское кресло Дмитрию Медведеву, а сам стал премьер-министром. При этом отдавать власть в стране он не собирался. Чтобы защитить свои позиции, Путин резко усилил Совет безопасности — до этого вполне бессмысленный совещательный орган, куда политиков обычно отправляли на почетную пенсию. Секретарем совета стал Патрушев. Под его руководством Совбез резко увеличил свое влияние и превратился в суперструктуру, надзирающую за всеми силовиками. Путин встречался с его постоянными членами почти еженедельно.

В ночь на 8 августа 2008 года многолетний тлеющий конфликт между Грузией и Южной Осетией перешел в горячую фазу. Грузинские войска начали обстрел южноосетинской столицы Цхинвали, Путин находился в Пекине, а Медведев — в отпуске. В 7:30 утра Патрушев собрал совещание Совета безопасности. Медведев приехал на него только через два часа. Никаких других сценариев, кроме введения войск в соседнюю страну, Совбез не обсуждал.

События в Крыму и Грузии не были для Патрушева кризисами, которые можно разрешить локальными средствами. Они логично встраивались в более широкую и грозную картину мира, ведь именно так, системно и глобально, учили мыслить советских чекистов. На протяжении десятилетий КГБ готовился к решающему и неизбежному столкновению с капиталистическим окружением. Советские теоретики обосновывали это тем, что западные страны органически ненавидят коммунистическую Россию, потому что она построила более справедливое общество. Постсоветские чекисты понимали, что Россия больше не могла претендовать на роль альтернативы Западу, поэтому сделали вывод, что страну хотят захватить ради обладания ее ресурсами.

В 2006 году «Российская газета» опубликовала интервью с генералом ФСО Борисом Ратниковым, рассказавшим, что в свое время КГБ разработал технологии проникновения в чужое сознание. В частности, Ратникову удалось попасть в сознание госсекретаря США Мадлен Олбрайт. «В мыслях мадам Олбрайт мы обнаружили патологическую ненависть к славянам. Еще ее возмущало то, что Россия обладает самыми большими в мире запасами полезных ископаемых», — рассказывал генерал. Вскоре эти фразы под видом прямых цитат Олбрайт стал приводить Патрушев.

Согласно чекистским представлениям, военные столкновения не были ни единственной, ни самой существенной угрозой для России. Гораздо важнее то, что могущественный враг ведет против России непрерывную скрытую войну, используя для этого все доступные средства. В сжатом виде схема выглядела так: на самом верху находится руководство сети международных разведок во главе с ЦРУ, оттуда указания спускаются в разведки конкретных враждебных стран, а затем — в разные неправительственные организации, которые влияют на активистов и гражданское общество в России и разваливают страну изнутри. В такой картине мира у России не может быть конфликта с отдельно взятыми Грузией или Украиной — просто потому, что за ними всегда будут стоять более мощные силы. Эти взгляды можно было бы считать конспирологическими, если бы КГБ буквально не реализовал их во время холодной войны, когда чекисты использовали внедренных агентов, чтобы влиять на работу западных медиа и общественных организаций. Для срыва американских военных учений в Крыму Патрушев использовал не спецназ или диверсантов, а пророссийских активистов, многие из которых могли и не знать о том, что их акция связана с ФСБ.

Неустранимая угроза со стороны могущественного врага придавала высший смысл деятельности ФСБ — только чекисты могли спасти Россию от гибели. Защита страны от расчленения стала основной задачей Совета безопасности. По бюрократической традиции именно Патрушев на правах секретаря определял повестку для встреч и готовил для них материалы. Один из чиновников, знакомых с работой Совбеза, говорил: для того, чтобы Патрушев отправил подготовленный отчет Путину, он должен быть сформулирован максимально резко. По словам других приближенных Патрушева, разговаривавших с британской журналисткой Кэтрин Белтон, тот всегда был более решительно и радикально настроен, чем Путин.

Когда в феврале 2014 года Путину нужно было принять решение об аннексии Крыма, он ночью совещался со своим ближайшим окружением. «Я всем моим коллегам, а их было четверо, сказал: ситуация развернулась таким образом на Украине, что мы вынуждены начать работу по возврату Крыма в состав России», — рассказывал он в фильме «Крым. Путь на родину». Одним из четверых, вероятнее всего, был Патрушев. Решение, принятое президентом, было и его решением.

Все, что мы сегодня знаем о том, как проводилась аннексия Крыма, говорит о том, что это была импровизация. Например, лояльному Леониду Грачу сначала предложили возглавить полуостров, а на следующий день отозвали предложение обратно. Несмотря на успех операции, оказалось, что Россия не готова к полноценному противостоянию с Западом. Патрушев вызвался это исправить — в том числе на идеологическом уровне.

В октябре 2014 года Патрушев дал интервью «Российской газете», которое было озаглавлено «Вторая „холодная“». В нем он сформулировал свои основные тезисы на ближайшие десять лет: украинский кризис возник из-за вмешательства США; СССР распался потому, что американские аналитики просчитали «уязвимые места» системы и обрушили ее экономику; Запад управлял Чечней и планировал развалить Россию. Статья не должна была оставить у читателей сомнения, что против России ведется полномасштабная война. Через год эти же положения легли в основу Стратегии национальной безопасности, которую подготовил Совбез. Стратегия исходила из того, что НАТО ведет скрытую агрессию против России, и готовила страну к переходу на военные рельсы. В новый большой конфликт Россия должна была вступить подготовленной.

Следующие несколько лет Патрушев потратил на то, чтобы сформулировать идеологию, которая нашла бы отклик не только у чекистов, но и у более широкой аудитории — в том числе зарубежной. Защита российских природных ресурсов от посягательств Мадлен Олбрайт могла быть убедительной внутри России, но плохо работала для создания международной коалиции. Зато на эту роль подошли «традиционные ценности». Этим словосочетанием Патрушев называл экзотические для российского государства высокоморальные и гуманистические установки. «К ним относятся приоритет духовного над материальным, защита человеческой жизни, прав и свобод человека, семья, созидательный труд, служение Отечеству, нормы морали и нравственности, гуманизм, милосердие, справедливость, взаимопомощь, коллективизм, историческое единство народов России, преемственность истории нашей Родины», — перечислял он. Главными оказывались не сами ценности как таковые, а то, что они противопоставлены «ценностям либерального Запада». «В отличие от Запада Россия по сути предлагает новый цивилизационный выбор, содержание которого включает равенство, справедливость, невмешательство во внутренние дела, отсутствие менторского тона и каких-либо предварительных условий для взаимовыгодного сотрудничества», — так в 2020 году Патрушев сформулировал предложение другим странам, готовым присоединиться к России в противостоянии с США. Весь мир теперь можно было разделить на два лагеря — либеральный во главе с США и антилиберальный во главе с Россией.

Создание универсальной идеологии стало заключительным упражнением в работе над ошибками 1991 года: чекисты снова оказались самой могущественной корпорацией в стране, ведущей бескомпромиссную войну за мировое господство с коварным противником. Только теперь они не были связаны по рукам и ногам устаревшей коммунистической доктриной, их экономика, построенная с важными элементами рынка, обрела гораздо больше устойчивости, а все диссиденты и возможная оппозиция нейтрализованы. Противостояние с Западом больше не существовало в режиме экспромта.

В ноябре 2021 года глава ЦРУ Уильям Бернс прилетел в Москву, чтобы предупредить Патрушева о том, что США знают о планах готовящегося нападения на Украину. Бернс пообещал, что ответ Запада будет решительным. Патрушев спокойно выслушал его, отложил в сторону записи и в ответ рассказал о том, насколько сильной стала российская армия. «Мы все равно можем это сделать. Мы вернулись», — прочитал в его глазах присутствовавший при этом американский посол Джон Салливан.