Современные флора и фауна Нильской долины и окружающих ее областей на территории Египта и Судана – это результат длительного воздействия на древнее биоразнообразие различных эволюционных, экологических и антропогенных факторов. Реконструировать сегодня облик флоры и фауны времен Древнего царства в целом довольно сложно. Во-первых, сам этот период был очень продолжительным, и уже в течение него самого должны были наблюдаться серьезные изменения. Во-вторых, на территории Египта и Судана существовало большое разнообразие экотопов, различавшихся формами рельефа, почвами, климатом; соответственно, велико было и разнообразие связанных с ними биоценозов. Значительную роль при этом играли и случайные факторы: локальные миграции животных и людей, например, могли быть связаны с интенсивностью дождей в том или ином районе в конкретный год. В-третьих, не все биоценозы испытывали антропогенное воздействие одновременно и в равной степени. В-четвертых, имеющаяся источниковая база очень фрагментарна. В распоряжении исследователей долгое время были преимущественно изобразительные и письменные источники из гробничных и культовых комплексов, работа с которыми требует большой осторожности. Биоархеологическими данными они стали дополняться более или менее регулярно лишь с началом процессуального этапа развития археологии, т. е. в последние 60 лет[397], а первые палеоэкологические исследования на основе описанных коллекций появились и того позже. К настоящему дню они все еще проведены на относительно небольшом числе памятников, многие из которых к тому же сильно разнесенных как географически, так и хронологически.

Изучение древних биотических процессов на территории Египта и Судана требует анализа естественных отложений, поскольку материалы с поселений и некрополей предоставляют данные, искаженные различными – порой весьма неожиданными – культурными процессами. Такие исследования продвигаются небыстро, и ныне пустынных областей это касается в особенности. Если раннеголоценовые и среднеголоценовые материалы еще привлекают внимание исследователей благодаря весьма яркой теме – последнему гумидному периоду в истории Сахары и его постепенному завершению, – то позднеголоценовые естественные отложения исследуются совсем редко.