Потанин инициировал создание в Томске Общества изучения Сибири, которое могло бы объединить профессоров университета и Технологического института – единственных высших школ на тот период в Сибири; и сам стал товарищем председателя Общества.

В тот же период с подачи Потанина в Томске открыты первые в Сибири высшие женские курсы. Ему принадлежит идея создания в Томске Сибирского областного музея и музея наглядных пособий для городских школ.