В январе Потанина арестовали за участие в собрании, в котором ораторы призывали к революции и свержению самодержавия. Для бывшего каторжника, заключение под стражу не было поводом для уныния. По словам Потанина, его «продержали в одиночном заключении 12 дней… без всякого ущерба… Я там прочел одну интересную книгу с увлечением, и еще с большим увлечением начал писать очерк о Монголии для народного чтения».

В апреле 1905 года с подачи Потанина юридическим обществом при Томском университете, членом котором состоял и Потанин, был подготовлен «Проект основных начал положения о земских учреждениях в Сибири», предполагающий создание, наряду с волостными, уездными, губернскими, еще и областное (региональное) земское самоуправление. Документ составлен во многом в русле интересов движения областников еще из середины XIX века. На основе этого проекта о сибирском региональном земстве, в мае 1905 года на заседании шести общественных томских организаций (юридического общества, технического, сельскохозяйственного, попечения о начальном образовании, взаимопомощи учащих и учивших, практических врачей) принят «Проект основных положений Сибирского областного союза», – комплекс законодательных предложений, касающихся отношений России и Сибири.

По случаю семидесятилетия Потанина, Совет Томского технологического института избрал его почетным членом, но российское Министерство народного просвещения отказалось утвердить Потанина на этом посту по причине его политической неблагонадежности.