Более месяца тело Александры Викторовны оставалось не погребенным, так как не решен был вопрос о месте захоронения, в Кяхте или на Волге, на родине жены, в Нижнем Новгороде или Самаре, как хотел поначалу Потанин.

В некоторые дни прихожане наблюдали чудо свечения окон Успенского храма, в котором был поставлен заколоченный гроб с останками Александры Викторовны, притом, что были погашены все свечи, и горели лишь две лампады, на аналое и в алтаре, которые не могли давать столько света.

Наконец, в Кяхту пришла телеграмма от Потанина, в которой он согласился захоронить останки жены в Кяхте.

23 января 1894 года тело Александры Викторовны Потаниной упокоилось в Кяхте (в той ее части, которая изначально называлась Троицкосавск) на кладбище, рядом с Успенским храмом. На могилу было возложено 25 венков, в том числе, от близких, от ИРГО, от друзей. Похороны и поминки прошли «торжественно», как вспоминал впоследствии Иван Иванович Попов.

Первый номер журнала «Этнографическое обозрение» за 1894 года выходит с некрологом о смерти Александры Викторовны Потаниной, первой в России профессиональной женщины-путешественницы, первой женщины награжденной серебряной медалью ИРГО. Из некролога: «Географическое отделение императорского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии, ценя заслуги покойной путешественницы, перед наукой, которой она беззаветно служила всеми своими силами, постановило издать отдельным сборником все ее статьи, как печатные, так и рукописные, с приложением подробной биографии путешественницы, ее портрета и некоторых из ее этнографических рисунков. На издание сборника пожертвовано 700 рублей. Выпустить сборник в свет предположено в конце лета текущего года».

Летом 1894 года на могиле Александры Потаниной установлен бюст, под которым надпись на гранитном основании памятника гласила: «Первая русская женщина путешественница и исследователь Центральной Азии», и ниже – «Александра Викторовна Потанина (1843–1893)».

Сычуанскую экспедицию путешественников Потаниных, несмотря на трагические обстоятельства, нельзя считать несостоятельной, потому что оставшиеся на маршруте Березовский и Обручев, с лихвой выполнили свои планы, изначально намеченные руководителем экспедиции. Вновь уникальную коллекцию птиц и мелких представителей фауны привезет из Китая Михаил Михайлович Березовский. А группа Владимира Афанасьевича Обручева, проделает за два года путь в более 10 000 верст, от Кяхты до Кульджи, пройдя по мало исследованным или прежде неизвестным районам Китая, Монголии, несуществующей теперь страны Ордом, завершив маршрут в восточной части гор Тянь-Шаня. Обручеву удалось собрать уникальный материал, обновить или составить карты, сделать десятки уникальных фотоснимков, что позволило скорректировать некоторые представления о геологии и даже географии Центральной Азии. Результаты исследований были отражены в отчетах, дневниках и книгах, написанных Обручевым, – «Центральная Азия, Сев. Китай и Наньшань» (2 тома, 1900, 1901), «От Кяхты до Кульджи» (1940) и др.

Спустя время Потанин представил Императорскому Санкт-Петербургскому ботаническому саду богатую коллекцию растений, приблизительно одну тысячу видов, собранных и засушенных вместе с женой во время ее последнего путешествия. Коллекция окажется богата новыми видами, которые впоследствии были старательно описаны и опубликованы в России и за рубежом. Среди них: Leptodermis Potanini, Larix Potanini. То есть, в Китае растут по крайней мере два растения, названные в честь Потаниных.

7 июня 1894 года в Барнауле покончил с собой, приняв смертельную дозу опиума, Николай Михайлович Ядринцев, ближайший и давний друг Потанина. После смерти жены это был самый сильный удар для Потанина. Потери жены и друга подкосили Потанина. Меланхолия, «черная желчь», которой он успешно противостоял вместе женой, вновь вернулась в виде приступов, во время которых Потанин совершал необъяснимые логически и рационально поступки.