После завоеваний Чингисхана все «настоящие» монголы ушли назад в Монголию, а оставшиеся перестали быть монголами и усвоили культуру тех народов, серди которых поселились: тюрок, персов, китайцев. На словах они продолжали называться монголами (могулами, моголами), но по вере, обычаям и языку превратились в чистейших тюрков.

К XIV веку все три монгольских царства: Золотая Орда, Чагатай и государство Хулагидов – были уже мусульманскими и не помнили о своем языческом прошлом. Чагатайский улус распался на западную и восточную части (Чагатай и Могулистан) и в итоге оказался под властью Тимура, потомки которого перебрались в Индию под именем Великих Моголов.

В XVI веке Средней Азией овладели узбеки, создавшие два ханства: Бухарское и Хорезмское (Ургенчское, потом Хивинское). При Абдулле-хане в Бухарское ханство входил и Хорасан. Позже узбекское государство в лице династии Джанидов ослабело и на равных существовало с кайсаками, которым принадлежали Ташкент и Фергана, а потом и с калмыками, разгромившими кайсаков и вытеснившими киргизов. Калмыков, в свою очередь, разгромили китайцы, после чего среднеазиатские народы осели на тех местах, где они находятся сейчас. К XVIII веку положение в Средней Азии определяло соперничество Китая и России, которые поделили зоны своего влияния, больше в пользу России.

В XVIII веке узбекские ханства пришли в упадок, и началась межклановая борьба между разными узбекскими родами. Степные кочевники разорили Хиву и бухарскую область, Самарканд практически перестал существовать. На власть претендовали ходжи, считавшие себя потомками самого Пророка. В XIX веке узбекские ханства снова окрепли под управлением разных кланов: в Хиве правили Кунграты, в Бухаре – Мангыты, в Коканде – Минги. Они подчинили себе кайсаков и киргизов и взимали с них дань, построив для этой цели в степи множество крепостей.

Россия путала кайсаков с киргизами и не особенно стремилась принять в свое подданство эти дикие, как считалось, народы. Только в середине XIX века с продвижением русских войск на юг начали заключаться договоры о подданстве с кайсаками, киргизами, узбеками и в последнюю очередь туркменами, бывшими по сути кочевым народом и не имевшими никакой государственности.