После падения Альморавидов мусульманская Испания вновь распалась на отдельные тайфы, но эта раздробленность сохранялась недолго. Скоро началось новое берберское завоевание – на этот раз со стороны Альмохадов. Как и Альморавиды, они включили Андалусию в свою империю и несколько десятилетий единолично правили в стране, успешно сопротивляясь напору христиан.
Однако в целом ситуация все больше складывалась не в пользу мусульман. Исламская Испания слишком ослабла, чтобы на равных противостоять христианским государствам, даже с помощью фанатичных пришельцев с юга. К концу XI века полоса христианских владений на севере расширилась далеко на юг и мощным клином вошла в центр Испании, вытеснив мусульман из Толедо. Взятие этого города поставило северян в самое сердце полуострова: здесь наступил последний момент равновесия сил, после которого маятник качнулся в пользу христиан.
Дальше испанская Реконкиста только набирала силу, несмотря на серьезные поражения и временные неудачи. В 1194 году кастильский король Альфонс VIII открыто бросил вызов Альмохадам, напав на земли Кордовы, а при кастильском короле Фернандо III испанцы впервые вторглись в Африку. Король помог занять престол альмохаду аль-Мамуну, и взамен тот позволил кастильцам основать колонию в Марокко, которая стала плацдармом дальнейшего распространения христиан в Магрибе.
Фернандо двигался семимильными шагами в отвоевании Испании: он окончательно объединил Леон и Кастилию, завоевал Кордову и Севилью и создал испанский флот. В это время Кордовская мечеть снова превратилась в христианский храм. Ее колокола, некогда доставленные из собора в Сантьяго-де-Компостелла на плечах рабов-христиан, теперь сняли и отнесли обратно на спинах мусульманских пленников.
Поражение Альмохадов при Лас-Навас-де-Толоса снова привело к распаду Андалусии, где какое-то время правили три сильных эмирата: сначала в Валенсии, потом в Мурсии и, наконец, в Архоне. Султан Архоны по имени Мухаммед ибн Наср в ожесточенной борьбе с Мурсией захватил Гранаду и основал Гранадский эмират, который стал последним и, возможно, самым блестящим из исламских «королевств» в Испании.