Согласно легенде, Тулуй отдал жизнь за своего старшего брата Угедея, выкупив его у смерти добровольной жертвой. Когда Угедей смертельно заболел, шаманы провели необходимый обряд, и душа Тулуя отправилась в загробный мир вместо души брата.
Возможно, поэтому после смерти Угедея и его сына Гюйука великим ханом избрали старшего сына Тулуя – Мунке. К этому времени былое единство монголов осталось уже в прошлом. Сыновья Чагатая и Угедея не только не признали избрания Мунке, но даже не сочли нужным присутствовать на курултае. Позже они явились к Мунке якобы для того, чтобы выразить ему покорность, а на самом деле желая выбрать удобный момент и убить хана; однако их замыслы были изобличены, а сами они казнены или изгнаны. Улусы Удегея и Чатагая были уничтожены, и империя разделилась на два владения – Батыя и Мунке.
Хан Мунке установил в своем государстве порядок, который сейчас назвали бы либеральным. Он одинаково благосклонно относился ко всем религиям, поэтому мусульмане, христиане и буддисты считали его своим. Первые уверяли, что он произнес исламский символ веры, вторые – что он крестился, а третьи – что он принял буддизм. Великий хан неустанно заботился о благе поданных, облегчал им налоги – даже в ущерб государственной казне – и не принимал никаких решений, не посоветовавшись с местными властями, знавшими свои дела лучше центральной власти. Он старался ни в чем не ущемлять ни один из народов, входивших в его империю, и каждому писал указы на его национальном языке. Ему хотелось, чтобы правление в каждой национальной области выглядело так, как если бы там все еще правили их прежние цари.
Несмотря на эти усилия, жизнь подданных не облегчалась, а в империи повсюду творились жестокости и беззакония. Налоги брали с прежней, если еще не с большей безжалостностью, чем раньше, должников пытали огнем или зажимали в тиски. Все это делали как раз те самые местные власти, котором полагалось блюсти интересы своего народа. Зато в политическом плане правлению Мунке ничего не угрожало: почти все мужское потомство Угедея и Чагатая было перебито, чтобы никто не мог составить конкуренции правящему хану.
В 1256 году Мунке сделал важный шаг, отправив своего младшего брата Хулагу на юго-запад против Багдада, где все еще прозябала династия Аббасидов. Этот поход положил конец пятисотлетнему арабскому халифату и основал новую монгольскую династию в Персии.
Мунке оказался последним правителем монголов, чья власть признавалась во всей империи. После смерти императора сразу два его брата, Хубилай и Арик-Бука, объявили себя великими ханами и начали борьбу за власть (1259). В этой братоубийственной войне ордынец Берке встал на сторону Арик-Буки, а завоеватель Багдада Хулагу принял сторону Хубилая. В то же время в Средней Азии объявился чагатайский царевич Алгуй, поначалу тоже поддержавший Арик-Буку, но затем объявивший себя независимым правителем и начавший собственную войну против всех. Со временем он захватил Среднюю Азию, перебив в Бухаре пятитысячный отряд Берке.
Противостояние Хубилая и Арик-Буки закончилось поражением младшего брата. Арик-Буки сохранили жизнь, но заставили уступить Хубилаю все свои владения. Однако никакого мира это не принесло. Пока Хубилай правил в своем Китае, приняв титул императора, в Средней Азии и Персии свирепствовала гражданская война между потомками Чингисхана.
Воинственный Хулагу вступил в схватку с Берке, который претендовал на Азербайджан и уже проник на юг Ирана. Берке, в свою очередь, попытался заключить союз с египетским султаном Бейбарсом (поскольку оба они были мусульманами), но дальше взаимных посольств дело не пошло. Хулагу одерживал верх и дошел уже до Терека, но в зимней битве на реке его войско было разгромлено и многие всадники утонули, когда лед стал ломаться под копытами коней. В ярости Хулагу приказал перебить в своем государстве всех ордынских купцов, а Берке в ответ перебил купцов Хулагу.
Последним в эту междоусобную мясорубку вмешался один из внуков Угедея по имени Хайду. Современники описывали его как типичного монгола – смуглого, невысокого роста и с тощей бородкой из девяти волос. Хайду был трезвенник – редкое качество у монголов, – и не пил не только вина, но и кумыса. Первое время он сражался на стороне Арик-Буки, но после его поражения отказался подчиниться Хубилаю и предпочел основать собственное государство. Сделать это было тем трудней, что Хайду не имел ни своей армии, ни земельных владений, ни поддержки других Чингизидов. Поэтому он просто предложил свои услуги Берке, который после смерти Хулагу воевал с Алгуем. Берке обратился к гороскопу и, убедившись, что прогноз благоприятен, снабдил Хайду войском и деньгами и пообещал в случае победы дать ему какой-нибудь улус.
Постепенно смута и войны все больше разделяли и ослабляли монголов. По мере того, как старые претенденты на власть умирали, война переходила по наследству к их детям и внукам. Сын Алгуя, Мубарек, продолжал враждовать с Хайду и Менгу-Тимуром, внуком Батыя и наследником Берке. После смерти Мубарека дело продолжил его двоюродный брат Борак, тоже сражавшийся с Хайду и потерпевший сокрушительнее поражение в битве на берегу Аму-Дарьи. На собранном после этого курултае Борак получил «на кормление» большую часть Маверранахра, а все остальное поделили между собой Хайду и Менгу-Тимур. Стоит отметить, что границы между владениями потомков Чингисхана всегда были неясными и менялись так часто, что установить их можно только в самых общих чертах.