Вскоре после Хорезма, Персии и Афганистана настал черед сельджукского Рума. В этом обломке сельджускской империи, обосновавшемся в отвоеванной у Византии Малой Азии, правил султан Алла-ад-Дин Кей-Кубад – сильный государь и опытный полководец, разгромивший сильнейшие армии Айюбидов и Джелал ад-Дина. Как раз в тот момент, когда он находился на вершине могущества, Чингисхан прислал ему письмо с требованием подчинения, которое заканчивалось так: «Сообщаем тебе о нашем решении призвать тебя к подчинению и повиновению нам. К тем, кто, получив от нас подобное известие, встанет на путь непокорности, мы посылаем армию и вырубаем их корни. Женщин и детей уводят в плен. Страну грабят и разрушают. Такой правитель уже больше ничего не может нам сказать». Румский султан не стал повторять ошибок хорезмшахов и признал себя вассалом Чингисхана.

После смерти Алла-ад-Дина Кей-Кубада (считается, что его убили заговорщики, подав на обед отравленную курицу) к власти пришел его старший сын Гияс-ад-Дин Кей-Хусрев, который оказался плохим правителем. Он во всем слушал своего фаворита Кепека – бездарного администратора, но мастера придворных интриг. Постепенно прибирая к рукам власть, Кепек едва не сверг и самого Кей-Хусрева, но султану в последний момент удалось раскрыть заговор и убить зарвавшегося временщика.

Между тем бежавшие от Чингисхана восточные тюрки заполнили страну, грабя и притесняя местное население. В это время в Анатолии началось восстание Баба Исхака, объявившего себя защитником веры и народа. Его сторонники убивали всех подряд, мусульман и христиан, не признавая никого и ничего, кроме своего «апостола и пророка». Восстание удалось подавить, но страна была ослаблена.

В 1242 году монголы вторглись в Малую Азию и осадили Эрзрум. Губернатор города тайно договорился с монгольским военачальником и отдал Эрзрум на разграбление, открыв ночью городские ворота.

Перед лицом монгольской угрозы султан Кей-Хусрев собрал все имевшиеся в стране военные силы и нанял множество наемников, потратив на это почти всю свою казну. Но военный поход против монголов кончился бесславно. В стане сельджуков начались разногласия, часть военачальников приняла решение самостоятельно атаковать противника и погубила половину армии. Султан в панике бросился в столицу, а остальное войско разбежалось.

Монголы брали один город за другим, часто в результате добровольной сдачи или измены градоначальников. Сопротивлявшиеся города уничтожали, в сдавшихся срывали стены. В конце концов вазир и другие высшие чиновники уговорили Кей-Хусрева объявить себя вассалом монголов и получить от Батыя, бывшего тогда Великим ханом, ярлык на правление в собственной стране.

Все следующие правители Рума получали право на правление из рук монголов, что не мешало им вести междоусобные войны. Какое-то время на троне сидело сразу трое родных братьев, которые никак не могли договориться, кто из них должен править государством. Непослушание сельджуков, их внутренние беспорядки и связанная с этим потеря дани привели к новому вторжению монголов, которые традиционно разгромили выставленную против них армию и навели относительный порядок в государстве. Сельджукский Рум был разделен на две части, а дань и другие поборы в пользу монголов увеличены. Постепенно он полностью потерял политическую, военную и финансовую самостоятельность. Султан сельджуков стал одним из подданных монголов, кормившемся со своего земельного надела.

Рум этого времени, по выражению одного историка, превратился в проходной двор. Все, у кого была достаточная армия, будь то местные феодалы или иноземные завоеватели, претендовали на свою долю власти. Самые большие надежды покоренные сельджуки возлагали на египетских мамлюков и Бейбарса, отстоявшего независимость Египта от монголов. Бейбарсу действительно удалось разбить монгольскую армию и захватить Анатолию, но это был кратковременный успех. Вернувшиеся монголы наказали восставших турок, репрессировав несколько сотен тысяч человек.

Сельджукский Рум формально просуществовал до начала XIV века и окончательно исчез в 1316 году, когда монгольский правитель Анатолии просто упразднил должность султана. Это не вызвало никаких волнений в стране, давно превратившейся в провинцию монгольской империи.

По иронии судьбы, всего через двадцать лет после этого из страны ушли и ослабевшие монголы. Бывшая территория сельджукского Рума распалась на множество отдельных княжеств, просуществовавших до появления Османов. Собственно, одним из этих малых княжеств и были османы, завоевавшие почти весь мусульманский мир.