Третий период в жизни Ходжи Туси начался тогда, когда крепости исмаилитов пали под натиском Хулагу, и тогда он примкнул к монгольскому хану. Словно судьбой было предначертано, чтобы в этот неспокойный век Ходжа Туси оберегал исламское наследие, которое так нещадно разрушалось монголами. И, надо признать, по мере своих возможностей он блестяще справился с этой трудной миссией.

Вначале Ходжа Туси проявил большую мудрость, благодаря чему он не допустил, чтобы монголы пролили кровь невинных людей. Когда Хулагу отправил своего представителя к последнему правителю исмаилитов Хур-шаху и предложил ему сдаться на милость победителей, Хур-шах созвал совет мудрейших во главе с Туси. И тогда Ходжа Туси отговорил правителя от проявления упрямства и посоветовал принять предложение монголов, чтобы спасти народ от неминуемой гибели[329].

Также этот великий мусульманский мыслитель смог спасти большую часть ценнейшей библиотеки, собранной исмаилитами в крепости Аламут, прежде чем монголы предали её огню.

Хулагу сделал Ходжу Туси одним из своих приближённых по двум причинам. Во-первых, из-за его высокой учёности, а во-вторых – из-за своего большого интереса к астрономии, которую Туси отлично знал и к ко торой хан часто обращался для планирования своих дел[330].

Ходжа Туси воспользовался своим положением при дворе Хулагу и имеющимися возможностями, чтобы спасти жизни многих учёных и мыслителей. Также благодаря своему уму он смог приобщить монгольских завоевателей к ценностям богатой мусульманской цивилизации и склонить их к принятию Ислама. В итоге через некоторое время потомки Чингисхана, который был намерен искоренить Ислам, стали поборниками этой религии[331].