С целью углубления своих знаний Ходжа Насир адДин переселился в Нишапур. В то время этот город был средоточием наук и ремёсел. В нём функционировало знаменитое медресе Низамийа и проживало много учёных. В Нишапуре Ходжа Туси стал изучать философию и медицину у Сирадж ад-Дина Камари, Фарид ад-Дина Дамада Нишапури и Кутб ад-Дина Мисри. Кроме того, он встретился там с известным гностиком ‘Аттаром Нишапури и перенял у него некоторые гностические идеи[316].

Ходжа Туси приобрёл обширные знания в Нишапуре, но и на этом он не стал останавливаться и устремился на поиски новых знаний. Он отправился в Рей и стал учиться хадису у Бурхан ад-Дина ‘Али ибн Мухаммада Хамадани. Затем поехал в Исфахан. По пути познакомился в Куме с Камал ад-Дином Майсамом Бухрани и стал учиться у него, одновременно обучая его самого каламу и философии. В это же время он некоторое время был учеником Шейха Абу-с-Садата Исфахани[317].

Приехав из Кума в Исфахан, Ходжа Туси не нашел там достойного учителя. Поэтому он отправился в Багдад, где начал обучаться у Му‘ин ад-Дина Салима ибн Бадрана Мазани Мисри, бывшего одним из учеников Ибн Идриса Хилли. В 620 г. л.х. Туси получил у своего учителя официальное разрешение на пересказ хадисов[318]. Говорят, во время этого путешествия Ходжа Туси изучал фикх у ‘Алламы Хилли, а он, в свою очередь, учился у Туси философии, каламу и астрономии. Таким образом, они положили начало доброй традиции, когда учитель и ученик делятся знаниями друг с другом.

‘Аллама Хилли описал три качества Ходжи Туси. Во-первых, Туси превосходил всех своих современников в рациональных и богооткровенных знаниях. Во-вторых, он написал ценные труды как по рациональным наукам, так и по имамитскому фикху. И, в-третьих, с нравственной точки зрения он был самым благородным человеком, которого ‘Аллама Хилли встречал в своей жизни[319].