В годовщину образования ВЧК 12 декабря 1941 года по согласованию со Сталиным Берия объявил о дополнительных поручениях ГКО, адресованных НКВД. Отныне на работников этого наркомата возлагались обязанности по агентурному освещению и контролю за ходом и сроками строительства всех главных оборонных предприятий, эвакуированных на восток; отслеживание соблюдения графиков железнодорожных перевозок и разнарядок на распределение продовольственных ресурсов на фронте и в тылу; наблюдение за состоянием санитарно-эпидемиологического надзора, чтобы иметь упреждающую информацию для предотвращения массовых вспышек заболевания тифом в тылу Красной армии. Именно Берии в этот напряженный момент войны Сталин поручил контроль над управленческими структурами СССР, расширив функции НКВД (что было менее заметно по сравнению со всемогущими центрами власти – ГКО и Ставкой).