Еще в разгар противостояния между исполнительной и законодательной властью решением Правительства РФ были временно запрещены почти все газеты коммунистического направления и наиболее радикальные издания национально-патриотического направления. В Москве были закрыты редакции газет «Правда», «Советская Россия», «Гласность», «Молния», а также «День», «Наша Россия», «Красная Пресня», «Путь», «Рабочая трибуна». Заодно были закрыты и небольшие антисемитские издания, по поводу которых уже давно в суды разных инстанций подавались исковые заявления: «Пульс Тушина», «Русская газета», «Русское воскресенье». В Санкт-Петербурге была запрещена газета «Народная правда», в Кемерово – газета «Кузбасс». Большинство коммунистических и профсоюзных газет вскоре возобновили свою работу, некоторые из газет стали выходить в свет под другими названиями («День» превратился в «Завтра»), часть газет больше не издавалась.

После объявления чрезвычайного положения в Москве была приостановлена деятельность многих партий и общественных организаций, которые уже в сентябре 1993 года активно выступали против президента. В решениях Министерства юстиции на этот счет были указаны Фронт национального спасения, движение «Трудовая Россия», Русское национальное единство, Объединенный фронт трудящихся, Союз офицеров, Союз военнослужащих «Щит», народная партия «Свободная Россия», Коммунистическая партия Российской Федерации, Российская коммунистическая рабочая партия и некоторые другие менее известные организации. После отмены в Москве чрезвычайного положения почти все перечисленные организации возобновили свою деятельность. Не был восстановлен, однако, Фронт национального спасения. Это было объединение левой и правой оппозиции, которое не могло в прежних формах существовать после октября 1993 года.

После ареста лидеров парламента, а также А. Руцкого, В. Баранникова и других в Москве были проведены аресты как среди недавних защитников парламента, так и среди активистов ряда левых и националистических организаций. В заключении оказались организаторы демонстраций 3 октября Виктор Анпилов и Илья Константинов. По факту «мятежа» было заведено много уголовных дел, но все они были прекращены после амнистии в феврале 1994 года.

Политики и общественные деятели из числа сторонников Ельцина полностью его оправдывали. Сторонники оппозиции и многие юристы считали его действия в сентябре-октябре 1993 года преступлением. Позднее юристы подсчитали, что только с 21 сентября по 5 октября Президентом и Правительством России были более пятидесяти раз нарушены законы и Конституция Российской Федерации. Эти нарушения фиксировались рядом оппозиционных и правозащитных организаций, но не прокуратурой. Победителей не судят.

Одной из главных задач для победившей в сентябре-октябре 1993 года стороны стала не только ликвидация Верховного Совета Российской Федерации и Съезда народных депутатов как органов законодательной и представительной власти, но и ликвидация всех других органов советской власти на уровне автономий, областей и краев, городов и районов, сельских округов и поселков. Хотя Советы 90-х годов мало чем напоминали те Советы рабочих, солдатских и крестьянских депутатов, которые были созданы в феврале 1917 года и которые дали название рожденному в Октябре 1917-го новому государству, для Ельцина и возникшего в стране нового режима ликвидация Советов имела не только политическое, но и символическое значение. Как известно, независимо от формы советской власти в разные исторические периоды, сами понятия «Советы», «советский» постепенно стали восприниматься как синоним понятия «социалистический». И в названии нашего Союза, и в названиях всех союзных республик слова «советская», «социалистическая» шли рядом и взаимно дополняли друг друга. Когда в западных странах говорили об СССР, то очень редко использовалось полное название государства. Чаше всего говорили просто «Советы»: «Советы планируют», «Советы используют», «Советы предполагают», «Советы ведут переговоры» и т. п. Строить капиталистическое общество, сохраняя в названии государства и его высших органов термин «советский», лидеры России не хотели. Поэтому после октября 1993 года они стремились не просто ограничить власть и влияние Советов, но полностью отказаться от Советов как формы государственной власти. Вероятно, первым после Верховного Совета и Съезда Российской Федерации был ликвидирован Московский совет (Моссовет), который активно поддержал в сентябре-октябре 1993 года Белый дом. Было объявлено, что новые выборы будут проходить не в Моссовет, а в Городскую думу. В большинстве других городов также приступили к созданию городских дум. Во многих областях и районах речь шла о замене советов «собраниями» области или района. Названия были разные, но почти везде исчезало слово «Советы». В Конституции Российской Федерации, которая выносилась для утверждения на референдум 12 декабря 1993 года, слово «совет» встречается лишь дважды: в разделе «Совет Федерации» и при упоминании «Совета безопасности». Но это уже совсем другие «советы».