Согласно поздним традициям и большинству современных исследований, таннаи являются прямыми наследниками фарисеев. Термины «фарисеи» и «таннаи» хронологически пересекаются друг с другом. Считается, что иудаизм фарисеев возник в начале хасмонейского периода, около 150 г. до н.э., и существовал до разрушения Храма в 70 г. н.э., когда на его место пришел иудаизм таннаев. В то же время переход не был внезапным и одномоментным. Чтобы понять, как происходил переход из одной группы в другую, нужно ответить на вопрос, каковы были отличительные характеристики фарисеев и каковы характерные черты таннаев: в чем они были схожи, а в чем различались?

Фарисеи были светскими знатоками Торы, не имевшими формальной организации. Еще до появления таких авторитетных мудрецов, как Гиллель и Шаммай, фарисеи перестали быть политической группировкой в хасмонейской коалиции и стали группой религиозных лидеров, объединяемых общим пониманием иудаизма и пытавшихся распространять свои взгляды среди населения. Они не ставили целью собирание, организацию и передачу традиций, не составляли они и организованной бюрократии.

В отличие от них таннаи занимались систематическим собиранием и передачей традиций, и их усилия в конечном итоге увенчались созданием Мишны (само название танна по-арамейски означает профессионального хранителя традиций, чьей обязанностью было их запоминание и изложение). Таннаи принадлежали к школам (иногда называемым академиями), которые имели более формальную структуру, чем группы фарисеев; эти группы постоянно стремились к расширению и к более четкой организации.

Последнее фундаментальное различие было связано с представлениями об устном законе. Фарисеи возводили свои внебиблейские правовые и экзегетические традиции к «традиции отцов» или «неписаным законам». Тем не менее, нигде не встречается утверждения о том, что эти традиции были даны на Синае. Таннаи, как будет показано далее, утверждали, что их внебиблейские традиции, многие из которых были унаследованы от фарисеев, являются частью устного закона: второй Торы, ниспосланной Богом Моисею на Синае наряду с письменным законом.

Переход от эпохи фарисеев к эпохе таннаев, подобно переходу от таннаев к амораям (мудрецы Талмуда — Гемары, примерно 200-500 гг. н.э.), требовал времени, которое позволило бы ввести необходимые новшества и пройти органичный путь развития. Ряд внешних факторов ускорил эти изменения. Желание собрать традиции и стандартизировать иудаизм было усилено Великим восстанием 66-73 гг. н.э. и осознанием того, что поражение отчасти стало следствием сектантских разногласий, которые раздирали еврейский народ в годы, предшествовавшие восстанию и даже во время войны.

Тенденция к более организованной системе школ, заменившей неформальные кружки фарисеев, была в какой-то мере подготовлена новым статусом, который римляне даровали таннайским академиям. Новая политическая ситуация выразилась в росте бюрократического аппарата и переходе к таннаям судейских функций. Наконец, стремление собрать и сохранить традиции всегда усиливается после войн и катастроф, что можно постоянно наблюдать на примере Ближнего Востока в древности.