Саддукеи уже около 150 г. до н.э. были вполне сформировавшейся группой. Эта группа носила преимущественно аристократический характер. Большинство ее членов либо принадлежали к числу священников, либо были связаны с первосвященническими родами семейными узами. Они склонялись к умеренному эллинизму и были привержены религии Израиля, находясь в то же время под сильным культурным влиянием окружения, в котором жили. Название саддукеев происходит от имени Цадок — так звали первосвященника Иерусалимского Храма во времена царя Соломона.
Цадокитская семья первосвященников возглавляла религиозную элиту страны на протяжении всего периода Первого Храма (за исключением тех моментов, когда в Храме совершалось иноземное богослужение) и во времена Второго Храма, пока пост первосвященника не перешел под контроль Хасмонеев. Книга Иезекииля (44:9-16) наделяла священническими обязанностями исключительно этот клан.
Саддукеи отвергали «традицию отцов», которую фарисеи рассматривали как закон. Поэтому позднейшие раввинистические источники изображают их противниками «устного закона». Замечания некоторых их духовных руководителей, что саддукеи принимали только авторитет Торы и отвергали Пророков и возникающий корпус Писаний, не подтверждается ранними источниками.
Трудно датировать многие из тех расхождений, которые тексты таннаев приписывают фарисеям и саддукеям. Некоторые из них дошли до нас лишь в составе поздних постраввинистических источников, но очевидно, что информация, сохранившаяся в тексте Мишны, представляет значительно больший интерес. Саддукеи требовали возмещения убытка, нанесенного чьим-либо слугой, в то время как фарисеи предписывали это только в случае убытка, нанесенного чьим-либо домашним скотом в соответствии с их интерпретацией Исхода (21:32, 35-36).
Саддукеи утверждали, что лжесвидетели должны приговариваться к казни лишь в том случае, если в результате их свидетельств сам обвиняемый был казнен (Второзаконие 19:19-21). Фарисеи накладывали такое наказание даже тогда, когда обвиняемый оставался жив. Саддукеи критиковали непоследовательность в интерпретации фарисеями законов чистоты, в то время как фарисеи считали, что саддукеи неправильно толкуют законы о менструации, и потому объявляли их женщин ритуально нечистыми. В целом саддукеи рассматривали законы чистоты как относящиеся только к Храму и его священникам, и не видели причин распространять их на повседневную жизнь всего народа Израиля, что являлось краеугольным камнем фарисейского подхода.
Фундаментальным является вопрос о причинах такого расхождения. Позднейшая еврейская традиция утверждала, что все разногласия объяснялись неприятием саддукеями «устного закона». Исходя из этого предположения, современные исследователи стали воспринимать саддукеев как приверженцев буквального прочтения Торы и принятия лишь прямого смысла ее установлений. Однако такой взгляд не может объяснить большинства подходов к закону, приписываемых фарисеям.
Недавние находки в пещерах на берегу Мертвого моря оказали большую помощь в этом отношении. Один из текстов (так называемый Микцат Маасе ха-Тора — «Некоторые вопросы, относящиеся к Торе») написан в форме послания основателей секты, которые, очевидно, были близко связаны с саддукеями, к правящим кругам в Иерусалиме и перечисляет двадцать два правовых вопроса, по которым существовали разногласия. Сопоставление этих пунктов и фарисейско-саддукейских диспутов, отраженных в раввинистической литературе, приводит к выводу, что авторы послания придерживались взглядов, позднее приписанных саддукеям, а их оппоненты среди верхушки иерусалимских священников разделяли точку зрения фарисеев. Анализ этого документа и связанных с ним материалов привел к выводу о том, что саддукеи имели свои методы библейской экзегезы и в соответствии с ними выводили законы, отличавшиеся от законов фарисеев и их сторонников.
Между саддукеями и фарисеями существовали также теологические расхождения. Как уже говорилось, саддукеи отрицали идеи посмертного воздаяния и бессмертия души. Они не верили в ангелов как в сверхъестественные существа, хотя не могли не признавать большого количества божественных «посланников», упоминаемых в Библии. В соответствии с их представлениями о полной свободе человеческой воли, Бог не принимал участия в людских делах.
Нельзя сказать, что секта саддукеев возникла в какой-то определенный момент времени. Власть священнической аристократии, возводившей свою родословную к временам Первого Храма, заметно возросла в персидский и эллинистический периоды, в результате перехода к этой аристократии управления как духовной, так и светской жизнью народа. Часть священников оказалась в числе крайних эллинизаторов, но большая часть нижнего звена оставалась верной Торе и традиционному стилю жизни.
Возможно, что после восстания небольшая и преданная своему делу группа саддукейских священников сформировала основу той группы, которая в итоге стала сектой Мертвого моря. Они не желали мириться с замещением первосвященника из рода Цадока Хасмонеем, которое произошло в 152 г. до н.э. Между ними и иерусалимскими священниками существовали разногласия и по целому ряду вопросов еврейского закона. Недавние исследования показали, что вскоре после перехода поста первосвященника к Хасмонеям эта группа удалилась в Кумран на побережье Мертвого моря. Другая часть саддукеев, умеренные эллинизаторы, осталась в Иерусалиме, и именно они известны нам из книг Иосифа Флавия и позднейшей раввинистической литературы как саддукеи в строгом смысле слова. Они продолжали играть ключевую роль среди хасмонейской аристократии, поддерживая династию и входя вместе с фарисеями в Герусию. Саддукеи были в ней доминирующей силой на протяжении большей части правления Иоанна Гиркана и всего правления Александра Янная и отошли на вторые роли после того, как Саломея Александра объединилась с фарисеями. Саддукеи восстановили свое влияние в эпоху царя Ирода, когда они нашли общий язык с иродианской династией. В итоге именно решение нижнего звена саддукейских первосвященников о приостановлении ежедневных жертвоприношений за римского императора, стало первым шагом к полномасштабному восстанию против Рима в 66 г. н.э.
С саддукеями были тесно связаны боэциане, которые придерживались взглядов, близких к саддукейским. Большинство исследователей связывает возникновение боэциан с Симеоном бен Боэцием, которого Ирод в 24 г. до н.э. назначил первосвященником, чтобы тот приобрел достаточный статус для брака с дочерью Ирода Мариам (II). Однако это предположение остается недоказанным, и определенные параллели, существующие между установлениями боэциан и материалом в свитках Мертвого моря, указывают на более раннюю дату. Между саддукеями и боэцианами, несомненно, существовали некоторые различия, но, судя по всему, последние были одним из ответвлений первых.
Наиболее серьезное разногласие между боэцианами и фарисеями из зафиксированных в раввинистической литературе было связано с календарем. Боэциане утверждали, что первое приношение Омер (ячменного снопа, см. Левит 23:9-14) должно происходить в воскресенье, а не на второй день Пасхи, в соответствии с Левит 23:11 — «на следующий день после Субботы». Гарантией того, что праздник приходится на правильный день недели, должен был служить новый календарь, который подобно календарю, известному по рукописям Мертвого моря и псевдоэпиграфической книге Юбилеев, основывался на солнечных месяцах и солнечном годе. В результате следования этому календарю праздник Шавуот (Пятидесятница) всегда приходился на воскресенье. Хотя такой подход лучше сочетался с буквальной интерпретацией слов «на следующий день после Субботы», фарисеи не могли принять ни такого нововведения как солнечный календарь (библейский календарь основывался на лунных месяцах), ни интерпретации, которая обосновывала его необходимость. Для них «Суббота» в данном случае означала праздник. Некоторые исследователи приписывают идею о солнечном календаре не боэцианам, а саддукеям, что связано с путаницей в рукописях раввинистических текстов.
Саддукейская система взглядов, несомненно, оказала значительное влияние на политические и религиозные тенденции в иудаизме эпохи Второго Храма. Одно из ответвлений саддукеев сыграло решающую роль в формировании секты Мертвого моря. Существуют свидетельства того, что саддукейские традиции продолжали существовать достаточно долго и оказали влияние на секту караимов, возникшую в VIII в. н.э. Но после разрушения Храма в 70 г. н.э. саддукеи перестали быть значимым фактором в еврейской истории. Система жертвоприношений, в которой они играли столь важную роль, более не существовала. Иерусалимский Храм, являвшийся основой их власти, был разрушен, и их жесткие подходы мало подходили для адаптации иудаизма к новому окружению и новым обстоятельствам.