Название фарисеев происходит от ивритского слова перушим («отделенные»). Это название, вероятнее всего, означало их отказ от ритуально нечистой пищи и от совместных трапез с простым народом, позднее известным из раввинистических источников как ам ха-арец («народ земли»), который не был скрупулезен в отношении законов чистоты, предписанной для левитов, и отделения десятины. Возможно, что вначале термин использовался противниками фарисеев в негативном смысле. Таннайские источники называют тех, кто соблюдал законы чистоты, хаверим (товарищи), а их группы — хавурот, хаверим противопоставляются ам ха-арец. Хотя большинство историков отождествляет эти группы с фарисеями, источники никогда не смешивают между собой два понятия. В раввинистических источниках фарисеи обозначаются иногда как «мудрецы», что является анахронизмом, связанным с представлением мудрецов Талмуда о себе как о продолжателях фарисейской традиции. Хотя влияние фарисеев постоянно росло, пока, наконец, не стало доминирующим в религиозной жизни еврейского народа, во времена Ирода они насчитывали всего шесть тысяч человек.

Фарисеи имели три отличительные черты. Во-первых, они представляли в основном средние и низшие классы общества. Во-вторых, возможно, вследствие своего социального статуса, они не были глубоко эллинизированы и принадлежали к традиционной ближневосточной культуре. Хотя они вполне могли использовать греческую терминологию и интеллектуальные методы, фарисеи считали авторитетными только древние традиции Израиля. В-третьих, они принимали то, что называлось «традиция отцов» — внебиблейские законы и обычаи, которые, как утверждалось, передавались из поколения в поколение. Это учение дополняло письменную Тору, и было частью того, что позднее мудрецы назовут «устным законом». Фарисеи считались очень скрупулезными в соблюдении закона и были экспертами в его интерпретации.

В значительном числе основополагающих законов фарисеи придерживались тех же взглядов, которые позже войдут в раввинистическую традицию. Они принимали идеи бессмертия души и посмертного воздаяния, которые отвергались саддукеями. В отличие от последних фарисеи также верили в ангелов.

Они соглашались с существованием божественного провидения, веря, что человек наделен свободой воли, но Бог может принимать участие в людских делах. Саддукеи полностью отвергали такое участие, для них свобода воли была абсолютной и ничем не ограниченной. Для сравнения: ессеи, как и секта Мертвого моря, верили в абсолютное предопределение. Несмотря на то, что Иосиф Флавий, являющийся нашим единственным источником по вопросам теологических разногласий между двумя группами, представляет их взгляды в соответствии с греческими философскими воззрениями, реально они могут быть соотнесены с различными интерпретациями библейской традиции и поэтому в основе своей могут считаться достоверными.

Из доступных нам свидетельств становится ясно, что фарисеи не были единодушны по наиболее острым вопросам того периода. Некоторые из них выступали за примирительную политику по отношению к правительству, пока оно позволяло практиковать еврейскую традицию в соответствии с фарисейскими требованиями. Другие считали, что никакое правительство неприемлемо до тех пор, пока оно не действует в соответствии с фарисейскими понятиями о соблюдении Торы, и призывали своих соотечественников к восстанию. Эти разногласия могут быть прослежены на протяжении всей истории фарисеев, они сохранили свое значение и в раввинистическом иудаизме, став центральными в двух еврейских восстаниях против Рима.

В дошедших до нас источниках фарисеи впервые появляются под этим именем во времена правления брата Иуды Маккавея Йонатана (ок. 150 г. до н.э.). Многие ученые пытались идентифицировать фарисеев с хасидеями, которые были союзниками Иуды во время макавейского восстания, или, по крайней мере, возвести к последним их родословную. Эту гипотезу, однако, нельзя считать доказанной. Наши знания о хасидеях очень ограничены, и весьма вероятно (если ориентироваться на использование этого термина в позднейшей раввинистической литературе), что они являлись не настоящей сектой, а скорее просто группой благочестивых людей.

Раввинистические источники возводят фарисеев к членам Великого Собрания, которые, как утверждается, руководили религиозной жизнью Израиля в персидский и раннеэллинистический периоды. Некоторые современные ученые отождествляют членов Великого Собрания с «писцами» (соферим). В таком случае «писцы» могли бы рассматриваться как предшественники фарисеев. К сожалению, исторические свидетельства не дают оснований для окончательных выводов. Единственное, что можно утверждать, — фарисеи как одна из лидирующих политических и религиозных групп в хасмонейский период не могли возникнуть на пустом месте. Их теология и организация должны были сформироваться раньше, хотя насколько раньше, сказать невозможно. В любом случае в хасмонейский период фарисеи появляются в составе Герусии в коалиции с саддукеями и представителями других слоев общества. Здесь они пытались отстоять свое понимание того, как следует жить еврейскому народу и как им управлять. Сложившиеся при Иоанне Гиркане и Александре Яннае условия все сильнее и сильнее вынуждали их к активному участию в политической жизни. По мере того как Хасмонеи все больше эллинизировались, оппозиция фарисеев к ним становилась резче. При Иоанне Гиркане наблюдалось очевидное сближение между фарисеями и Хасмонеями.

Напротив, во времена Александра Янная фарисеи были в состоянии открытой войны с царем, который в результате потерпел поражение в 89 г. до н.э. от селевкидского царя Деметрия III Эвкероса (96-88 гг. до н.э.). Это послужило причиной для примирения между царем и фарисеями. Во время правления Саломеи Александры они играли доминирующую роль, контролируя жизнь государства (хотя, возможно, степень их влияния преувеличивается исследователями). Существуют значительные разногласия по вопросу о том, насколько поздние раввинистические заявления о доминировании фарисеев в ритуалах Иерусалимского Храма могут приниматься всерьез. Не так давно существовала тенденция пренебрегать этими свидетельствами как позднейшей переделкой истории, порожденной событиями, происшедшими после катастрофы 70 г. н.э. Недавно опубликованные свитки Мертвого моря заставляют пересмотреть все предыдущие оценки.

Эти тексты показывают, что позиции, приписывавшиеся фарисеям в Мишне, действительно существовали в Иерусалимском Храме. Нельзя точно сказать, определялось ли такое доминирование фарисейской точки зрения политическим влиянием фарисеев или же их взгляды были в хасмонейский период общепринятым подходом.

Иосиф Флавий постоянно подчеркивает популярность фарисеев среди народа. По всей вероятности, это было действительно так в последние годы эпохи Второго Храма, свидетелем которых выступает сам Иосиф Флавий (хотя необходимо учитывать и его личные профарисейские симпатии). Популярность фарисеев вместе с уникальным подходом к еврейскому закону, которого они придерживались, заложила основы их взлета в еврейской политической и религиозной жизни. Концепция «устного закона», которая выросла из фарисейской «традиции отцов», давала иудаизму возможность адаптироваться к новым и многообразным обстоятельствам, с которыми он столкнулся в период Мишны и Талмуда и позже. Фарисейской традиции предстояло стать раввинистическим иудаизмом, основой для последующей еврейской жизни и цивилизации.