1 июля 2002 года самолет Ту-154М компании Башкирские авиалинии вылетел из Москвы (Домодедово) и направился в Барселону (Испания). На борту лайнера находилось 9 членов экипажа и 60 пассажиров, из них 52 ребенка. Для большинства детей отдых в Испании был поощрением от Комитета по делам ЮНЕСКО Башкирии за отличную учебу. При этом на борту находилась дочь главы этого комитета, а также среди пассажиров были дети других госслужащих.

Вечером, в темноте, самолет пролетал над территорией Германии. В это время в воздухе находился грузовой Boeing 757-200PF авиакомпании «DHL», который летел из Бергамо (Италия) в Брюссель (Бельгия). На борту были только КВС и второй пилот. Самолеты следовали на одном эшелоне, и их курсы пересекались.

Управление воздушным движением в данном районе осуществляла частная швейцарская компания «Skyguide» в Цюрихе. В ту ночь на смене работало только два диспетчера и два помощника. Незадолго до описываемых событий один из диспетчеров с помощником ушли вздремнуть. Оставшийся диспетчер, Петер Нильсен, работал за двумя терминалами одновременно и был очень загружен. Его помощник не имел права заменять диспетчера и не мог выполнять его функции. Кроме того, часть оборудования в диспетчерской была отключена.

Петер вел сразу три самолета: Ту-154, Boeing 757 и Airbus A320. Последний заходил на посадку в Фридрихсхафен (город на берегу Боденского озера) и диспетчер все свое внимание сосредоточил на данном рейсе. Из-за этого он вовремя не заметил опасного сближения Ту-154 и Boeing 757. Его заметил диспетчер из немецкого центра Карлсруэ. Однако он не смог связаться с Цюрихом, так как телефонная связь не работала.

Менее чем за минуту до пересечения Петер, наконец, увидел опасность. Он дал экипажу Ту-154 команду на снижение. За семь секунд до этого система предупреждения столкновения самолетов в воздухе (TCAS) обнаружила сближение лайнеров и предупредила об этом экипажи. Данная система сканирует пространство вокруг воздушного судна и, при обнаружении поблизости других бортов, автоматически дает экипажам разные команды: одному на набор высоты, другому на снижение. Таким образом TCAS разводит самолеты в небе без участия диспетчеров.

Вскоре Boeing 757 получил от TCAS команду снижаться и приступил к ее выполнению. Экипаж Ту-154 тоже снижался, следуя указанию диспетчера, в то время как TCAS в его кабине потребовала набирать высоту. Пилоты Ту-154 команду TCAS проигнорировали. Когда один из членов экипажа российского самолета обратил внимание на указание TCAS, командир ответил, что диспетчер велел снижаться («Он снижает нас»).

Следует отметить, что действовавшие в то время международные и национальные правила касательно приоритетов TCAS над указаниями диспетчера были недостаточно четкими, неполными и местами противоречивыми. Полутора годами ранее в небе над Японией произошла аналогичная ситуация, но тогда самолеты смогли разойтись в последний момент (см. Неопытный диспетчер перепутал номера). Авиационные власти Японии призывали четко обозначить приоритет указаний TCAS над командами диспетчера в международных правилах, однако на момент описываемых событий этого сделано не было.

Между тем диспетчер снова вышел на связь с экипажем российского лайнера и потребовал ускорить снижение. Также он сообщил, что другой самолет находится справа, тогда как на самом деле он был слева. Пилоты Боинга доложили диспетчеру, что снижаются по указанию TCAS, но тот их не услышал, так как был занят переговорами с Airbus A320, заходящим на посадку. Возможно перед самым столкновением пилоты обоих бортов увидели друг друга, но сделать уже ничего не могли. Самолеты столкнулись почти под прямым углом на высоте 10634 метра. Хвост Боинга разрубил фюзеляж Ту-154, и они оба упали в окрестностях Боденского озера в Германии. В катастрофе не выжил никто.

Расследование возложило вину за трагедию на диспетчера, который вовремя не разобрался в ситуации и давал команды с запозданием. Следует отметить и вероятность того, что психофизическое состояние Нильсена было неадекватно, так как при осмотре его рабочего места в мусорном ведре и вообще в помещении было найдено много пустых одноразовых чашек кофе. Недостатки были выявлены и в деятельности швейцарской фирмы «Skyguide». Компания не обеспечила безопасность воздушного движения и допустила ситуацию, когда фактически работал только один диспетчер.

В качестве причины также были названы действия экипажа Ту-154, который не стал подчиняться команде TCAS и следовал неверному указанию диспетчера. Однако здесь свою роль сыграло отсутствие четких и стандартизированных международных и национальных правил по поводу TCAS. Так, согласно действовавшим в тот момент в России правилам, приоритет имели команды диспетчера, а TCAS являлась вспомогательной системой. Но при этом другое положение гласило, что запрещается выполнять команды, противоположные тем, которые выдает система. После катастрофы, в ноябре 2003 Международная организация гражданской авиации (ICAO) наконец внесла изменения в международные правила, закрепив приоритет указаний TCAS.

24 февраля 2004 года Виталий Калоев, который потерял в катастрофе жену и двоих детей, убил того самого диспетчера Петера Нильсона. В суде он заявил, что приехал в Швейцарию только для того, чтобы получить извинения от представителей компании за произошедшую по их вине авиакатастрофу. Калоев рассказал, что пришел к дому диспетчера, чтобы показать ему фотографии своих детей. Однако, по словам Калоева, Нильсен ударил его по руке, и конверт с фотографиями детей упал на землю. Что произошло дальше, он не помнит. Калоев был приговорен к 8-ми годам заключения, но вскоре наказание смягчили. В 2007 году он вышел досрочно и вернулся в Россию.

Родственники погибших получили компенсации: кто-то от страховой, кто-то через суды. В связи с катастрофой в 2007 году были осуждены четверо менеджеров «Skyguide» за причинение смерти по неосторожности. Троих приговорили к 12 месяцам тюрьмы условно, а одному назначили штраф.