Блаженная Екатерина родилась 15 мая 1889 года в Финляндии, в крепости Свеаборг, в семье военного инженера Василия Васильевича Малков-Панина. В семье было шестеро детей. Мать Екатерины, Екатерина Константиновна, происходила из дворянской семьи Печаткиных.

В раннем детстве Катя отличалась добротой и отзывчивостью. Девочка очень любила посещать святую обитель, находящуюся недалеко от их усадьбы. Екатерину Константиновну пугала «чрезмерная религиозность дочери», она готовила детей к светской жизни.

До 1900 года семья проживала в Гельсингфорсе (Хельсинки), затем переехала в Гатчину. В Гатчине Катя с сестрой ходила в гимназию, а братья — в реальное училище.

В начале двадцатого века Екатерина училась на естественном факультете Бестужевских курсов, по окончании курсов в 1912–1913 годах работала в Энтомологическом обществе. В 1914 году Екатерина поступила на курсы сестер милосердия и одновременно стала работать в бесплатных городских больницах, позже работала в тыловом госпитале, затем перевелась в летучий отряд Георгиевской общины, сестры милосердия которого оказывали помощь раненым бойцам.

После тяжелой болезни Екатерина устроилась работницей в село Беззаботное под Петербургом, а в 1919 году с родителями попала в Эстонию.

5 июля 1922 года Екатерина была принята в число послушниц Пюхтицкого монастыря. С первых дней своей жизни в монастыре Катя стала вести себя необычно, странно, по временам юродствовала, но не совсем еще явно. Вскоре ее перевели в Гефсиманский скит, находившийся в 30 километрах от монастыря.

Она любила трудиться, исполняла послушания, но у нее все получалось необычно. Она часто ходила босая или в чулках, чаще всего в тапках, сшитых из сукна. Зимой иногда надевала валенки, но без калош и не обшитые кожей. Однажды в суровую погоду она шла в тапках по двору монастыря. Одна сестра, увидев ее в таком виде и сжалившись над ней, предложила: «Мать Екатерина, можно, я вам валенки дам?» Та остановилась, посмотрела на нее пристально. «Ну что ж, можно», — сказала, подумав, и, отойдя немного, обернулась и спросила: «А они не обшиты кожей?» — «Задники обшиты». — «Не возьму!» — «Почему, мать Екатерина?» — «Потому что надо подставлять свою кожу, а не чужую», — сказала она.

В начале Отечественной войны Гефсиманский скит был ликвидирован. Все скитянки вернулись в монастырь, а мать Екатерина в 1942 году была отпущена домой ухаживать за больными престарелыми родителями, которые жили в Таллинне. В том же году она похоронила мать и осталась жить со своим отцом, которого горячо любила. В Таллинне мать Екатерина посещала подворье Пюхтицкого монастыря и предсказала (почти за 20 лет) его закрытие.

В 1947 году мать Екатерина похоронила своего отца и вернулась в монастырь. В том же году скончалась пюхтицкая блаженная старица Елена. Матушка Екатерина стала ее преемницей: взяв на себя самый тяжелый подвиг, начала открыто юродствовать.

Одевалась она своеобразно: летом ходила в черном хитоне, в белом апостольнике, поверх которого надевала черную шапочку или черный платок. Зимой на хитон надевала какую-либо кацавеечку легкую, иногда подпоясывалась белым платком. Теплой одежды (пальто и платков) не носила.

Блаженная Екатерина советовала послушницам: жить просто, не осуждать других. Говорила, что причина осуждения — невнимательная духовная жизнь. Всех призывала бороться с гордыней, смиряться. Говорила, что гордость — поглотитель всех добродетелей.

Монахини вспоминали, что она иногда налагала на себя особый пост, объясняя это тем, что собирается умирать, и обычно это было к смерти кого-нибудь из сестер. Если же говорила, что постится, потому что готовится к постригу в мантию, — это значило, что должен состояться чей-то постриг.

Из воспоминаний монахини Г.: «Один раз весь пост она лишь святую воду да частицы просфор вкушала, а в Страстную пятницу при всем народе яичко выпила. Кто же после этого поверит, что она постилась! Так она и делала, чтобы не замечали ее подвигов и считали просто глупой».

По ночам она почти никогда не спала, молилась. О приезжих богомольцах она говорила: «Странники Божии — к Матери Божией приехали!» Народ шел к матери Екатерине нескончаемым потоком. Многие приезжали в обитель специально, чтобы повидаться с ней. С каждым годом их число возрастало. На имя настоятельницы монастыря поступало много писем с вопросами к матери Екатерине и с просьбами помолиться. С приходящими к ней мать Екатерина вела себя по-разному: с одним говорила иносказательно, а кое с кем — и просто; с некоторыми подолгу беседовала, а других сразу же с гневом выпроваживала. Души людские были открыты ей. Приносимое ей почитателями тут же раздавала. Денег у себя не держала ни копейки, но раздавала с большим рассуждением».

Рассказывает Мария из Кронштадта: «У меня болела нога, на ней были струпья, сыпь, нарывы — вроде экземы. Я поехала к матери Екатерине. Она велела снять чулок, посмотрела ногу и сказала: «Бог даст, и пройдет!» Сняла с головы платок и повязала им мою ногу. Когда я приехала домой, нога стала чистой».

В пятидесятые годы будущая матушка Глафира пришла к блаженной Екатерине вместе со своей подругой, которая, как и она, мечтала остаться в монастыре на всю жизнь. Этой девушке блаженная сказала, что в монастыре она не останется, и прибавила странные слова: «Иди в матушки!» — «Матушки-то ведь — это монахини», — подумали юные ревнительницы иночества и остались в недоумении. Но спустя короткое время не принятая в обитель девушка поехала на богомолье в Троице-Сергиеву лавру, встретила там семинариста, который стал ее супругом, принял священство — так она стала матушкой. А Глафира приехала в Пюхтицкую обитель и осталась здесь на долгую жизнь, проходила различные послушания, возрастая в духовной мудрости.

Однажды у одной женщины, которая была очень предана блаженной Екатерине, случилось несчастие: ее маленький сын упал с пятого этажа. Мальчик еще дышал, но ушибы были такие сильные — врачи сказали, что вряд ли он выживет. Убитая горем мать стала кричать: «Мать Екатерина, помоги! Помоги, мать Екатерина!» — к удивлению врачей, мальчик выжил.

В начале 50-х годов служил в обители один иеромонах. Мать Екатерина носила цветной расшитый пояс, как у этого иеромонаха, и все не давала ему проходу: встанет во время службы напротив, ругается и чудит. Вскоре этот иеромонах уехал в мир и женился, сняв с себя сан.

За много лет вперед мать Екатерина знала, кто станет святейшим патриархом. И владыке Пимену, и владыке Алексию предсказала она патриаршество.

В конце 1961 года, когда над обителью нависла угроза закрытия, блаженная Екатерина перед началом Великого поста 1962 года ушла в затвор, пребывала в посте и молитве до Пасхи… По ее молитвам монастырь не закрыли.

Из воспоминаний монахини Е.: «Мать Екатерина спросила:

— Ты видишь, как святые идут в храм?

— Нет.

— А я вижу. Они приходят раньше людей. Идут, идут, друг за другом… Иди, иди скорей в храм, пока служба не началась.

Как-то зимой 1968 года я зашла к матери Екатерине, она меня спрашивает:

— Кто у нас игумен?

— Не знаю.

— Как же ты не знаешь, кто игумен? Кто помогает матушке?

Молчу.

— Вот кто игумен! — сказала она, указывая на портрет дорогого батюшки Иоанна Кронштадтского».

Однажды блаженной старице Екатерине было открыто, что во время службы сам святой праведный Иоанн Кронштадтский служил вместе с отцом Петром. Иеромонах Петр был ее духовником, прозорливая блаженная старица очень почитала отца Петра, всегда о нем говорила: «Какой это великий светильник!»

Из дневниковых записей духовника старицы иеромонаха Петра (Серегина)19: «Юродство Христа ради, или умышленная глупость. Этот вопрос хорошо разъяснила мать Екатерина. «Глупость есть грех, — сказала она, — потому что человек не пользуется даром Божиим, закопав свой талант в землю, как ленивый раб». А о себе она сказала: «Я отказалась от своего разума, разумеется, для славы Божией, покорив Ему всю свою волю. Принесла жизнь свою в дар Богу. А Бог дарует человеку благодатный дар высшего рассуждения и прозрения. Откровение же Божие получается через молитву».

Отец Петр, почитая великую подвижницу, принявшую на себя подвиг юродства Христа ради, говорил, что по силе молитвы она ему мать.

В заупокойном синодике митрополита Мануила (Лемешевского) над именем матери Екатерины было написано: «Из тех, кто не желал быть прославленным».

Сестра Л. рассказывала, что при встрече с матерью Екатериной у нее почти всегда появлялись слезы покаяния. Тогда старица строго говорила ей: «Перед иконами надо плакать!»

В апреле 1966 года архиепископом Таллинским и Эстонским Алексием, ныне — Святейшим Патриархом, в Пюхтицком монастыре, келейно, в игуменских покоях был совершен постриг в мантию послушницы монастыря Екатерины с оставлением прежнего имени.

Последние годы своей жизни блаженная старица редко выходила из дому, больше лежала. Если вставала и где-либо неожиданно появлялась, то это было большим событием и значило, что в этом доме должно произойти что-то значительное.

По рассказам монахинь, у блаженной старицы Екатерины постоянно было воспаление слизистой рта, она страдала хроническим насморком, в носу у нее были полипы, ей приходилось дышать ртом. Некоторые признаки говорили о болезни желудка, а почти постоянный приглушенный кашель — о болезни легких. Один Господь знал ее страдания, внешне она ничем их не выражала. В одном из последних писем блаженная написала: «Как легко взять на себя подвиг и как трудно его докончить…»

5 мая 1968 года, на празднование жен-мироносиц мать Екатерина мирно отошла ко Господу.