Его правление сопровождалось кровопролитным и жестоким конфликтом – гражданской войной Севера и Юга. Избрание Линкольна не пришлось по душе населению южных штатов – исконно рабовладельческих регионов. В результате семь южных штатов (Техас, Джорджия, Флорида, Луизиана и др.) объявили о своём выходе из состава страны, что привело к гражданской войне 1861–1865 годов. Результатом этой войны стало одно из главных политических и социальных преобразований в истории Штатов – освобождение чернокожего населения от рабства.

9 апреля 1865 года армия южан капитулировала. Линкольн, избранный годом ранее на второй срок, провозгласил готовность отказаться от мщения проигравшим, восстановить экономику Юга и построить гармоничный союз. Увы, осуществить свои намерения он не успел.

14 апреля 1865 года во время посещения театра в Вашингтоне на 16-ого президента США Линкольна было совершено покушение. В театр незаметно проник некий Джон Уилкс Бут. Он происходил из актёрской семьи и сам был актёром по профессии. Бут был ярым противником Линкольна и отмены рабства. И хотя он не был южанином, но в годы гражданской войны стал тайным агентом армии Юга, поставлял медикаменты. К концу войны Бут присоединился к заговору против Авраама Линкольна. Актёр хорошо знал здание театра и взял на себя главную роль в предстоящем убийстве. Он сумел добраться до ложи, где ничего не подозревающий Линкольн наслаждался представлением. Актёр с близкого расстояния выстрелил Линкольну в голову. Президент был смертельно ранен и на следующий день скончался. Поначалу Буту удалось скрыться. Через неделю его обнаружили в полузаброшенном складе-сарае. Началась перестрелка. Согласно одной из версий, Бут был убит солдатами. По другой, он покончил жизнь самоубийством. Существует ещё одна версия: Бут был участником крупномасштабного антилинкольновского заговора и избавиться от преследования ему помогли влиятельные конспираторы. Бут якобы изменил имя и фамилию, поселился в штате Оклахома и через 38 лет после убийства президента, в 1903 году, покончил с собой.

Несмотря на официальную отмену рабства смерть президента осложнила положение темнокожего населения страны. Ещё много лет оно не могло получить те права и свободы, которые хотел даровать ему Авраам Линкольн.