Кучма, выиграв выборы осенью 1999-го, проводит всеукраинский референдум об изменениях в конституции, чтобы получить возможность избраться в третий раз. У многих возникает ощущение, что власть Кучмы ничем не поколебать — он бесспорный авторитарный лидер.
Про Кучму еще по первому президентскому сроку все знают, что он очень придирчиво относится к выбору главы правительства: многие считают, что в премьерах он видит угрозу своей власти. Одного из них, ветерана украинской политики Евгения Марчука, он увольняет с формулировкой «за формирование собственного политического имиджа». После выборов Кучма формирует новое — прозападное и настроенное на реформы — правительство. А пост премьера предлагает молодому главе Национального банка Украины Виктору Ющенко. Вице-премьером становится Юлия Тимошенко. Но президент быстро разочаровывается в своем выборе, хотя популярность 45-летнего Ющенко стремительно растет, он быстро завоевывает симпатии прессы. «Опять мне не повезло с премьером», — жалуется Кучма в кругу сотрудников.
Виктора Ющенко также ненавидит политик Виктор Медведчук — и как раз в это время он все сильнее влияет на главу государства. Он занимает пост вице-спикера парламента — казалось бы, незначительный, но все знают, что он вхож к президенту и решает возникающие вопросы напрямую. Медведчук активно настраивает Кучму против Ющенко.
В конце 1999 года президент оказывается в центре более серьезной интриги. Одна из распространенных версий тех событий выглядит так: в кабинет Кучмы все чаще наведывается сотрудник его охраны Николай Мельниченко. В ноябре 1999 года он — это его воспоминания — устанавливает под диваном диктофон. Из записей позднее станет известно, что в 2000 году Кучма узнает о существовании интернет-издания «Украинская правда» и его основателя Георгия Гонгадзе, того самого журналиста, который также очень вызывающе ведет себя в политических ток-шоу на канале Роднянского. Интернетом президент, конечно, не пользуется — в 2000 году в Украине это еще удел только очень продвинутой молодежи. Но ему, очевидно, приносят распечатки. Судя по расшифровкам пленок Мельниченко, Кучма запоминает фамилию главреда не сразу, поэтому поначалу чаще называет журналиста «грузин». Статьи Гонгадзе Кучму страшно раздражают. И он несколько раз в разговорах с министром внутренних дел, руководителем спецслужб или главой своей администрации предлагает проучить Гонгадзе: чтобы его «похитили чеченцы, раздели бы, вывезли в Грузию» и потребовали за него выкуп.
Если верить пленкам, то собеседники Кучмы — глава МВД Кравченко и руководители спецслужб — со своей стороны проявляют удивительную настойчивость: они напоминают про Гонгадзе снова и снова. И президент возмущается: «Совсем уже, бля, оборзели. Подонок, бля. Грузин, грузин, блин».
16 сентября 2000 года Георгий Гонгадзе после работы заезжает к своей подруге, главному редактору «Украинской правды» Алене Притуле. В 22:30 он выходит от нее, но домой к жене уже не попадает. Четверо сотрудников милиции сажают его в машину и отвозят в лес. Там они выкапывают яму шириной 70 см и глубиной метр. Журналиста выводят из машины, укладывают на землю и связывают. Гонгадзе просит не убивать его, но один из силовиков, начальник главного управления уголовного розыска МВД Украины Алексей Пукач, засовывает журналисту в рот носовой платок и начинает руками его душить. У него не получается, тогда другой милицейский снимает с Гонгадзе ремень, и Пукач душит журналиста его же собственным ремнем. Около часа ночи Георгий Гонгадзе умирает. Его тело поливают бензином и поджигают, останки закапывают. Сотрудники милиции возвращаются из леса и докладывают министру внутренних дел Юрию Кравченко, что его приказ «убить, сжечь, закопать» исполнен в точности.
Через полтора месяца у главы МВД вдруг возникают опасения, что мертвого Гонгадзе найдут, и он приказывает перепрятать труп. Пукач находит тело, топором отрубает голову и перезахоранивает останки в двух разных местах.
В середине октября 2000 года майор Мельниченко звонит одному из лидеров украинской оппозиции, бывшему спикеру украинского парламента и бывшему кандидату в президенты Александру Морозу, — и после разговора передает ему записи.
2 ноября в лесу в 120 километрах от Киева крестьяне находят холмик, из него торчит рука. Вызванная на место милиция обнаруживает обезглавленное тело: Алена Притула подтверждает, что это Георгий Гонгадзе.
4 ноября Николай Мельниченко увольняется из службы безопасности президента. А 26 ноября вместе с семьей улетает в Чехию. 28 ноября 2000 года Мороз собирает пресс-конференцию и рассказывает о пленках майора Мельниченко и о том, что президент Кучма, возможно, причастен к организации убийства журналиста.
Годы спустя в окружении Кучмы сформируется другая, вполне четкая версия произошедшего: никакого диктофона под диваном Мельниченко установить не мог, не говоря уже о том, чтобы регулярно менять в нем кассеты. Прослушку вели спецслужбы: офис президента на Банковой улице был нашпигован шпионскими устройствами еще с советских времен, когда его занимали лидеры компартии и за ними следил КГБ. Бывший руководитель украинского КГБ Евгений Марчук о наличии устройств, конечно, знал и процесс прослушки контролировал. А переместившись в кресло секретаря совбеза, смог этим воспользоваться. Впрочем, по этой версии, прослушка была не личной инициативой Марчука, а частью операции, придуманной в Москве. Будто бы пришедший к власти Путин сразу же предпринял действенную попытку взять Кучму под свой контроль и наказать его за сближение с НАТО.