В 1931 году Хармса и Александра Введенского арестовали. Обэриутов обвинили в том, что в их «непонятных» стихах зашифрованы враждебные власти политические лозунги. В 1932 году Хармса приговорили к трём годам работ в исправительном лагере. Но приговор был смягчён – отец Хармса обратился за помощью к своим прежним товарищам по революционной деятельности. Хармса и Введенского отправили в ссылку в Курск. Эти месяцы были для Даниила трудными. Он болел, чувствовал тревогу и почти ничего не писал.

Отец продолжал хлопотать за сына, и уже осенью 1932 года Хармс вернулся в Ленинград.

В 1937–1938 годы многие сотни тысяч людей были арестованы по нелепым обвинениям, в том числе друзья Хармса – поэты Олейников и Заболоцкий. Но Даниила Ивановича почему-то не тронули. Правда, его на некоторое время перестали печатать: в «ЧИЖе» появилось стихотворение «Из дома вышел человек», и многие решили, что строки «И вот однажды на заре зашёл он в тёмный лес…» намекают на аресты и исчезновения людей.