По мере роста проблем в тылу они стали активно нарастать в армии и на флоте. И, хотя военным и морским министром в мае был отдан приказ о наступлении, ярким проявлением начала активного распада российских вооруженных сил стало заявление главнокомандующего Черноморским флотом, адмирала Колчака, о своем намерении сложить с себя обязанности главнокомандующего.

Причина отставки адмирала Колчака была следующей: совет рабочих и солдатских депутатов Севастополя допустил насильственное действие против командира местного порта Петрова, который точно выполнял приказания и инструкции, данные ему главнокомандующим. В интересах военного дела Колчак поручил командиру порта принять в Севастополе ряд мер, вызвавших оппозицию со стороны местного совета рабочих и солдатских депутатов. Совет сперва потребовал от адмирала Колчака уволить командира порта. Адмирал заявил, что Петров только в точности исполнял его распоряжения и в увольнении отказал. Тогда совет постановил арестовать Петрова, проигнорировав адмирала. Колчак, узнав об этом аресте, распорядился об освобождении командира порта, но совет отказался выполнить распоряжение главнокомандующего. Адмирал Колчак, считая положение вещей ненормальным, сообщил Временному правительству, что он далее не может брать на себя ответственность главнокомандующего Черноморским флотом, если его распоряжения в точности не выполняются. Временное правительство направило в Севастополь для урегулирования конфликта находившегося в Москве министра почт и телеграфов И. Г. Церетели. Однако не он на тот момент смог урегулировать возникший конфликт между местным советом и адмиралом, пользовавшимся доверием на всем флоте, а матрос Федор Баткин сумел сплотить, объединить и вдохновить весь Черноморский флот. Инцидент удалось быстро ликвидировать, адмирал вернулся, а флот не понес от этого первого столкновения ни малейшего ущерба. Однако уже в июне под влиянием большевиков и по решению митинга адмирал Колчак и начальник его штаба были отстранены от своих должностей и вызваны для объяснений в Петроград, а на их места были назначены их заместители.

Бессилие Временного правительства еще ярче проявлялось в отношении Кронштадта, уже в конце весны не признававшего никакой другой власти, кроме своего Совета рабочих и солдатских депутатов. Ярким примером этого стал случай, имевший место на приеме у министра юстиции. К министру явились несколько жен офицеров, томившихся в кронштадтских тюрьмах, и умоляли об облегчении их участи. Министр, пожав плечами, только заметил, что он бессилен что-либо сделать в Кронштадте. Измученные дамы продолжали просить министра, но тот им напомнил случай, когда его же в бытность прокурором палаты кронштадтские матросы чуть было не подняли на штыки за то, что он посчитал возможным освободить ни в чем неповинного офицера. На вопрос: «Что же нам делать?» министр ответил просто: «Обратитесь к г. Ленину».