Память о Б. А. Вилькицком сохранилась и в географических названиях. Пролив между полуостровом Таймыр и Землей Императора Николая II 8 мая 1916 г. был назван проливом Цесаревича Алексея. Но это название никогда не использовалось на географических картах, а с 1929 г. пролив носил имя Бориса Вилькицкого. В 1935 г. название было узаконено постановлением ЦИК «О единых географических наименованиях Советской Арктики».
Однако в 1950 г. в первом томе фундаментального «Морского атласа» пролив впервые был назван проливом Вилькицкого. Это произошло без какого-либо правового акта, по инициативе заместителя ответственного редактора навигационно-географического тома атласа контр-адмирала В. А. Петровского. Существует информация о том, что название пролива было «обрезано» по личному распоряжению адмирала П. С. Абанькина (начальника Гидрографического управления ВМФ в 1952–1953 гг.).
В 1996 г. руководство Главного управления навигации и океанографии начало переписку с Роскартографией о восстановлении исторического названия пролива. Она длилась восемь лет, и только в 2004 г. корректура названия пролива была опубликована в официальном документе – «Извещениях мореплавателям», на основе которых вносятся изменения в морские карты, лоции и пособия. Помимо восстановления исторической справедливости, была устранена определенная путаница, возникшая из-за того, что не было ясно, в честь кого из Вилькицких (отца или сына) назван пролив. Имя А.И. Вилькицкого носят семь различных географических пунктов в Арктике. В советское время в честь Б. А. Вилькицкого было «косвенно» названо одно судно. Большой морозильный рыболовецкий траулер носил имя «Пролив Вилькицкого». В 2013 г. имя Б. А. Вилькицкого появилось на борту танкера, принадлежащего частному лицу и приписанного к Мурманску.
В 1919 г. именем Б. А. Вилькицкого Р. Амундсен назвал острова в заливе Терезы Клавенес (море Лаптевых, полуостров Таймыр).
В наши дни Фонд полярных исследований учредил орден Бориса Вилькицкого, которым отмечаются выдающиеся научные достижения в разных областях.
Увековечением памяти Б. А. Вилькицкого и других участников Гидрографической экспедиции Северного Ледовитого океана активно занимается Морская арктическая комплексная экспедиция (МАКЭ) Российского НИИ культурного и природного наследия имени Д. С. Лихачева. С 1986 г. она непрерывно работает в Арктике под руководством доктора исторических наук, профессора, почетного полярника П. В. Боярского.
МАКЭ проводила работы на всех основных объектах, связанных с экспедицией Б. А. Вилькицкого, – от Архангельска до Анадыря (в том числе на островах Беннета, Врангеля, мысе Дежнева). Летом 1996 г. таймырским отрядом экспедиции совместно с ОАО «Мурманское морское пароходство» и Северной гидрографической экспедицией Краснознаменного Северного флота были перезахоронены на мысе Могильном останки двух участников экспедиции Вилькицкого, скончавшихся во время зимовки близ полуострова Таймыр, – лейтенанта А. Н. Жохова и кочегара И. Е. Ладоничева (из-за размыва береговой черты могилы могли быть уничтожены).
В 2005 г. на мысе Вильда в бухте Эклипса (берег Харитона Лаптева на побережье Таймыра) члены экспедиции провели восстановительные работы на могиле кочегара с «Вайгача» Г. Г. Мячина, умершего в 1915 г. В дальнейшем планируется продолжение исследований по программе МАКЭ «По следам экспедиции Бориса Вилькицкого», разработанной П. В. Боярским и приуроченной к 100-летию завершения экспедиции и 130-летию со дня рождения Б. А. Вилькицкого.