15 мая 1943 года приказом НКВД СССР № 00856 были организованы отделы контрразведки «Смерш» в войсках НКВД и утверждено «Положение об Отделе контрразведки «Смерш» НКВД СССР и его органах на местах».
Бывший 6-й отдел УОО НКВД после реорганизации советских спецслужб остался в составе НКВД СССР и был преобразован в Отдел контрразведки «Смерш» НКВД СССР для агентурно-оперативного обслуживания пограничных и внутренних войск, милиции и друтих вооруженных формирований Наркомата, с прямым подчинением наркому Л. П. Берии.
Отдел возглавил комиссар ГБ Юхимович С. П., его заместителями были назначены подполковник ГБ Капралов П. М. и капитан ГБ Гольдфайн. В мае 1944 года начальником ОКР «Смерш» стал бывший заместитель начальника отдела кадров НКВД СССР генерал-майор Смирнов Владимир Иванович.
Структура центрального аппарата ОКР «Смерш» НКВД СССР (штат — 94 человека) состояла из руководства (начальник и 2 его заместителя) и следующих подразделений:
— секретариат;
— спецгруппа;
— группа оперативного учета;
— 1-е отделение — агентурно-оперативная работа по центральным управлениям войск НКВД СССР;
— 2-е отделение — руководство агентурно-оперативной работой ОКР «Смерш» в войсках НКВД по охране тыла Действующей Красной Армии;
— 3-е отделение — руководство агентурно-оперативной работой в ОКР «Смерш» в пограничных войсках НКВД;
— 4-е отделение — руководство агентурно-оперативной работой ОКР «Смерш» во внутренних, железнодорожных, промышленных, конвойных войсках НКВД и МПВО;
— 5-е отделение — следственное;
— 6-е отделение — организационно-мобилизационное.
К августу 1943 года система органов военной контрразведки «Смерш» в частях и соединениях войск НКВД включала:
— ОКР «Смерш» НКВД охраны тыла фронтов — 12 органов; — ОКР «Смерш» НКВД Украинского и Северокавказского округов внутренних ВОЙСК;
— ОКР «Смерш» НКВД погранокругов — 10 органов;
— ОКР «Смерш» НКВД Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения им. Ф.Э. Дзержинского (ОМСДОН);
— ОКР «Смерш» НКВД Отдельной мотострелковой бригады особого назначения войск НКВД (ОМСБОН);
— ОКР «Смерш» НКВД в Москве, Куйбышеве, Новосибирске и Свердловске, где находились части и соединения войск НКВД, которые охраняли особо важные предприятия и железнодорожные узлы.
— ОКР «Смерш» НКВД по охране тыла фронтов постоянно переформировывались в соответствии с упразднением, образованием или переименованием фронтов.
Отделы контрразведки «Смерш» в войсках НКВД решали следующие задачи:
а) проведение оперативно-розыскных мероприятий, направленных на борьбу со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях войск НКВД и среди их окружения;
б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части войск НКВД;
в) изучение и проверка военнослужащих, зачисленных на службу в войска, бывших в плену и окружении противника;
г) борьба с предательством и изменой Родине, дезертирством и членовредительством в частях войск НКВД;
д) проведение через командование профилактических мероприятий для предупреждения противоправных действий военнослужащих и происшествий с их участием;
е) осуществление расследований по фактам противоправных действий, гибели военнослужащих войск НКВД, сотрудников и агентов контрразведки «Смерш»;
ж) возбуждение уголовных дел и проведение следствия по делам, отнесенным к компетенции органов «Смерш» НКВД;
з) обеспечение безопасности в войсках в период проведения государственных праздников и важных политических событий;
и) выполнение специальных заданий Народного комиссара внутренних дел.
Для укомплектования ОКР «Смерш» НКВД до штатной численности из военнослужащих войск НКВД было отобрано 500 человек. В 1945 году в составе органов контрразведки НКВД СССР образуются отделы контрразведки «Смерш» по охране тыла: Группы советских оккупационных войск в Германии, Северной группы войск в Польше, Центральной группы войск в Австрии и Южной группы войск в Венгрии[310].