31 мая 1943 года постановлением ГКО было утверждено аналогичное «Положение о УКР «Смерш» НК ВМФ». Центральный аппарат Управления размещался в Москве на Гоголевском бульваре, 16.

Структура центрального аппарата УКР «Смерш» НК ВМФ:

— секретариат;

— 1-й отдел (центральные органы ВМФ);

— 2-й отдел (руководство органами «Смерш» флотов и флотилий);

— 3-й отдел (руководство органами «Смерш» гарнизонов, тыловых органов, учреждений ВМФ);

— 4-й отдел (оперучет, статистика);

— следственная часть;

— оперативное отделение;

— отделение шифровальной связи;

— отделение оперативной техники;

— отдел кадров;

— административно-хозяйственный и финансовый отдел.

Стуктура отделов контрразведки «Смерш» Военно-Морского Флота:

ОКР «Смерш» флотов:

ОКР «Смерш» по Балтийскому флоту

ОКР «Смерш» по Черноморскому флоту

ОКР «Смерш» по Северному флоту

ОКР «Смерш» по Тихоокеанскому флоту

ОКР «Смерш» по Северо-Балтийскому флоту

ОКР «Смерш» по Юго-Балтийскому флоту

ОКР «Смерш» военных флотилий

ОКР «Смерш» по Азовской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Волжской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Днепровской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Дунайской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Каспийской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Ладожской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Онежской военной флотилии

ОКР «Смерш» по Северной Тихоокеанской военной флотилии