В 1937–1938 годах проводилась работа по оптимизации структуры НКВД. Было признано, что существующая организационная структура ГУГБ не соответствовала задачам борьбы с подрывной деятельностью иностранных разведок и «враждебными элементами» внутри страны.
Решением Политбюро ЦК ВКП (б) от 28.03.1938 г. была утверждена новая структура оперативно-чекистских управлений НКВД СССР, которая объявлена приказом НКВД № 00362 от 09.06.1938 г.
Было ликвидировано Главное управление государственной безопасности, и на его базе сформированы самостоятельные оперативно-чекистские управления НКВД СССР. 1-е — Управление государственной безопасности, 2-е — Управление особых отделов (УОО), 3-е — Управление транспорта и связи.
Структура центрального аппарата УОО НКВД СССР:
— 1-й отдел — оперативное обеспечение ВВС;
— 2-й отдел — оперативное обеспечение автобронетан-ковых и технических войск (начальник И. Я. Бабич);
— 3-й отдел — оперативное обеспечение пехоты, кавалерии, артиллерии (начальник М. С. Ямщицкий);
— 4-й отдел — оперативное обеспечение ВМФ (начальник Федоров);
— 5-й отдел — оперативное обеспечение штаба пожарной службы, ПВО, связи, РУ РККА (военная разведка), снабжения и финансов РККА;
— 6-й отдел — оперативный (аресты, обыски, наружное наблюдение)[214].
Особые отделы войск НКВД не были переданы в Управление особых отделов. В составе 1-го Управления был образован 6-й отдел, куда из 5-го отдела ГУТБ была передана функция по обеспечению безопасности войск НКВД, который также осуществлял надзор за милицией, пожарной охраной и другими военизированными организациями, его возглавил майор ГБ Морозов И.Д.
В июне 1938 года агентурно-оперативное обслуживание войск НКВД по охране железнодорожного транспорта было передано Управлению особых отделов.
20 августа 1938 года 6-й отдел ГУГБ был расформирован, приказом НКВД СССР № 00539 оперативное обслуживание пограничных и внутренних войск стало полностью осуществляться 6-м отделом УОО НКВД СССР.
В тоже время в течение 1938 года секретно-политический отдел ГУГБ НКВД СССР вел всю следственную работу по «военно-фашистскому заговору» в войсках НКВД. Непосредственное участие в допросах военнослужащих-чекистов принимал начальник отделения СПО Абакумов В. С., будущий руководитель военной контрразведки «Смерш».
По версии следствия заговор в пограничных и внутренних войсках был составной частью масштабного «военнофашистского заговора». Массовые аресты были проведены среди командного состава ГУПВВ НКВД СССР, Управления внутренних войск Московского округа, Отдельной мотострелковой дивизии особого назначения.
В 1938–1939 годах были уволены или арестованы 11 начальников войск округов и их заместителей. Среди них — начальник УПВО Казахской ССР комбриг Ротэрмель А.А., начальник войск Северо-Кавказского округа комбриг Кобелев П. Г., начальник войск Восточно-Сибирского округа комбриг Лепсис Р. К., начальник УПВО Грузинской ССР полковник ДэрбутЖ.А., начальник УПВО Азербайджанской ССР комбриг Смирнов П. И., начальник УПВО Туркменской ССР комбриг Леонов В. А. и другие.
Арестованным командирам и политработникам войск НКВД предъявлялись стандартные обвинения как участникам контрреволюционных террористических организаций за ведение «контрреволюционной троцкистской работы», вредительство, направленное на ослабление боевой и политической подготовки войск, за связь и сращивание с классовыми, чуждыми и вражескими элементами, «за шпионаж».
Расследование дел в отношении военнослужащих сопровождалось грубыми нарушениями при проведении следственно-судебных мероприятий, широко применялись меры физического воздействия.
29 сентября 1938 года на основании Постановления Политбюро ЦК ВКП (б) «О структуре НКВД СССР» была проведена очередная реорганизация, и приказом НКВД СССР № 00641 объявлена новая структура НКВД, причем было восстановлено ГУГБ во главе с первым заместителем наркома внутренних дел Берией Л. П.
Управление Особых отделов было ликвидировано, а на его базе организован 4-го (Особый) отдел ГУГБ НКВД СССР, его руководителем был назначен старший майор ГБ В. М. Бочков, который в период с 1921 по 1935 год проходил службу на командных должностях в войсках ГПУ — НКВД СССР.
Структура 4-го (Особого) отдела ГУГБ НКВД СССР:
— 1-е отделение — оперативное обеспечение штабов;
— 2-е отделение — оперативное обеспечение Разведуправления;
— 3-е отделение — оперативное обеспечение ВВС;
— 4-е отделение — оперативное обеспечение технических ВОЙСК;
— 5-е отделение — оперативное обеспечение мототехни-ческих ВОЙСК;
— 6-е отделение — оперативное обеспечение артиллерии и кавалерии;
— 7-е отделение — оперативное обеспечение пехоты;
— 8-е отделение — оперативное обеспечение политорганов;
— 9-е отделение — оперативное обеспечение органов снабжения;
— 10-е отделение — оперативное обеспечение ВМФ;
— 11-е отделение — оперативное обеспечение войск НКВД;
— 12-е отделение — организационно-мобилизационное;
— следственная часть[215].
24 ноября 1938 года Постановлением Политбюро ЦК ВКП (б) Ежов Н. И. был освобожден от обязанностей Народного комиссара внутренних дел, и наркомом внутренних дел назначен Л. П. Берия.
В результате смены руководителя организационная перестройка в Наркомате внутренних дел была продолжена, органы военной контрразведки ждал новый неожиданный поворот в их истории.