Обособленное положение Особых отделов ставило их в сложные отношения с другими подразделениями ВЧК, не говоря уже о других государственных и партийных органах.

В феврале 1920 года Феликс Дзержинский на 4-й Всероссийской конференции ЧК отмечал, что «не удалось наладить взаимоотношений между губернскими ЧК и Особыми отделами».

В июне того же года в письме Вячеславу Менжинскому из Харькова Феликс Дзержинский писал о «черной кошке» между Особым отделом и Президиумом ВЧК и призывал своего заместителя «стать патриотом ВЧК как единого боевого органа и не проводить линии обособления».

В августе 1920 года член Коллегии ВЧК, полпред ВЧК в Туркестане Яков Петерс писал, что «00 не существуют при ЧК… а ЧК существуют при Особых отделах». И, наконец, в декабре 1920 года в письме председателю ВУЧК Василию Ман-цеву Феликсу Дзержинский делал следующие выводы:

«Я боюсь, что особое существование ЧК и особых отделов при отсутствии внешних фронтов доведет до драки и упадка… в конечном счете Особых отделов не должно быть… Органы ВЧК на местах должны быть едины, и базой их должна быть местная власть. Только там, где есть особые политические соображения не передавать всей власти местным советским органам, можно оставлять особые отделы для свободы действий центральной власти… Никаких окружных особых отделов… армейские особые отделы (подвижные, а не территориальные, приспособленные для войны, а не для мира)».