Как бы то ни было, 1488 год стал для супругов де Божё решающим, годом вполне обоснованных опасений, а затем годом побед и всемогущества. Супруги идеально дополняли друг друга: Пьер действовал как технический специалист, особенно в области финансов, в то время как Анна давала войне общее направление.

В течение пяти долгих лет принцесса была женщиной-воином, всем своим существом вовлеченной в борьбу за дело короля. В 1488 году, когда из-за изменившегося соотношение сил ситуация зашла в такой тупик, что Анна была готова уничтожить своих противников, в лице Людовика Орлеанского и в меньшей степени, графа де Дюнуа. Политический расчет больше не допускал ни жалости, ни даже переговоров. На смену неэффективной мягкости и всепрощению пришла непоколебимая решимость, увенчавшаяся 28 июля 1488 года победой принцессы и короля в битве при Сент-Обен-дю-Кормье. Потрясение лигеров от этого поражения было ужасным, а герцог Франциск II Бретонский, вообще не смог пережить катастрофу и умер через несколько месяцев. Пленение же герцога Орлеанского означал конец войны. Принца перевезли из Лузиньяна в Лош и в июле 1489 года заключили в тюрьму в Бурже. В течение трех лет он оставался под пристальным наблюдением супругов де Божё, и никому не удавалось повлиять на Анну сделать ему послабление. Будь то граф Ангулемский или Жанна Французская, почти забытая герцогом жена, все они наталкивались на непримиримый отказ властной женщины освободить принца ― Людовик Орлеанский должен был оставаться узником. Письмо герцогини Орлеанской своему брату Карлу VIII подчеркивает главенствующее положение Анны в правительстве:

Мой муж и не думал против Вас выступать и только из-за недовольства властью нашей сестры Анны, и опасаясь за свою жизнь, он был вынужден бежать. Если он взялся за оружие, то только потому, что не мог вернуться во Францию. […] Брат мой, умоляю, простите его[94].

Таким образом, Анна сыграла наиважнейшую роль в Безумной войне, которая распространилась на Гиень, Бретань и Фландрию. И везде она методично одолевала своих врагов, которые в конц-концов были были разбиты и уничтожены. Франциск II Бретонский вскоре умер, а навязанный ему мирный договор в Верже был выгоден французской короне. Максимилиан из-за восстания городов во Фландрии был нейтрализован, граф де Дюнуа был сослан в Асти (Италия), где и умер в 1491 году, а Людовик Орлеанский томился в королевской тюрьме, и был освобожден только в том же 1491 году. Сеньор де Ла Вогийон представляет принцессу как архитектора победы при Сент-Обен-дю-Кормье, которая стала символом этой Безумной войны:

Для принцессы Анны правление означало ведение войны, борьбу за победу ради трех неразрывно связанных целей: дела короля, общественного блага и сохранения собственной власти.