Многие исследователи признают Филофея автором всех сочинений, в которых упоминается его имя. Это «Послание Филофея Мисюрю Мунехину на звездочетцев», «Послание к великому князю Василию Ивановичу о крестном знамении», «Послание к царю и великому князю Ивану Васильевичу об обидах, причиняемых русской церкви», «Послание Мунехину на противящихся божьей воле» — о псковском моровом поветрии, «Послание в беде сущим иже и просящим от него помощи», «Послание во Псков просившим слова на утешение некоим боголюбцем, понеже бе в то время скорбь от государя и от властей градцких насилие», «Утешительное послание» к неизвестному вельможе, «Послание в Царствующий град», «Послание о злых днех и часех» и др. Кроме того, Филофею иногда приписывают редактирование «Хронографа» 1512 года и участие в псковском летописании 1482–1509 годов с продолжением до 1547 года (А. А. Шахматов, А. Н. Насонов и крупнейшая исследовательница псковской книжности Валентина Ильинична Охотникова). Однако эта гипотеза вызвала серьезные сомнения у специалиста по истории Пскова Натальи Николаевны Масленниковой, Я. С. Лурье и других исследователей. В тех случаях, когда тексты, которые якобы принадлежат перу Филофея, противоречили друг другу, на это или не обращали внимания, или объясняли эволюцией взглядов старца, поскольку датировались эти произведения в очень широких временных рамках: с конца XV века до конца 40-х годов XVI столетия.

К сожалению, большинство посланий, автором которых называется Филофей, сохранилось в сравнительно поздних списках. Судя по всему, они лишь приписываются псковскому иноку и были написаны уже после его кончины, хотя были близки ему стилистически и использовали целый ряд его формулировок. Наиболее авторитетные исследователи безусловно признают принадлежащими перу псковского старца лишь три из них: «Послание Мисюрю Мунехину на звездочетцев», «Послание о крестном знамении» и «Сочинение об обидах», причиняемых Русской Церкви.

Первое из них было наиболее популярным: сохранилось более восьмидесяти его списков XVI–XVIII веков. «Послание о крестном знамении» дошло до нашего времени в более чем тридцати списках середины XVI — XIX века. «Сочинение об обидах церкви» известно примерно в полутора десятках списков середины XVI — конца XIX века. Поздние списки XVIII–XIX веков в основном вышли из старообрядческой среды.

Тщательный текстологический анализ, проведенный А. Л. Гольдбергом, показал, что все три указанных произведения были написаны в начале 20-х — конце 40-х годов XVI века. Кроме того, было установлено, что Филофей может быть признан автором лишь одного из них: «Послания на звездочетцев» псковскому дьяку Мисюрю Мунехину. Что же касается «Послания о крестном знамении» и «Сочинения об обидах церкви», то они первоначально переписывались как анонимные и лишь позже были приписаны псковскому старцу. Их создатели заимствовали некоторые формулировки Филофея (в частности, о Третьем Риме), что, видимо, и стало основанием для их атрибуции старцу. Причем Филофей точно не мог быть автором «Сочинения об обидах», поскольку оно содержит элементы полемики с первым «Посланием». Возможно, поэтому оно никогда не цитировалось в других памятниках русской литературы XVI–XVII веков.

Это позволяет нам сосредоточиться в дальнейшем изложении в основном на «Послании на звездочетцев», привлекая в то же время прочие сочинения продолжателей Филофея, которые так или иначе развивали идеи псковского старца.