Со времён работы над «Морским уставом» появилась у Дениса Спиридоновича мечта – усовершенствовать систему обмена условными знаками при помощи флажков между кораблями. То есть на основе опыта военных действий на море в Северной и Русско-шведской войнах, переделать книгу «Генеральных сигналов» для лучшего управления флотом.

В течение 10 лет адмирал Калмыков работал над книгой – одним из главных своих трудов.

Войны доказывали, что без новой, пригодной для российского флота, системы передачи информации между кораблями с помощью флагов и вымпелов, воевать на море нельзя.

К работе над книгой «Генеральных сигналов» Калмыкова подтолкнуло известное печальное происшествие произошедшие во время Северной войны в 1713 году. Во время этой военной кампании, для поиска шведского флота, русские корабли вышли в Финский залив под командой вице-адмирала Корнелия Крюйса. Свой флаг он держал на линейном корабле "Рига". В море его эскадра, состоящая из восьми российских кораблей, встретила шведскую, – состоящую всего из 3 кораблей. Казалось бы, Фортуна благоволила русским морякам.

Вице-адмирал Корнелий Иванович Крюйс

Началось преследование противника, дистанция между убегающими и преследующими сокращалась неумолимо…

И вдруг корабль флагмана Крюйса «Рига» со всего хода сел на камни прибрежной мели, которая не была указана ни на финских, ни на российских картах.

В кильватер "Риге" следовал 50-пушечный "Выборг", и адмирал Крюйс опасался теперь за его судьбу. И действительно, пока капитан "Выборга" англичанин Шельтинг соображал, что означают поднятые на флагманском корабле вымпелы и флаги, его корабль на полном разбеге также вылетел на камни подводного рифа. Далее случилось самое странное. Остальные корабли, повинуясь сигналу младшего флагмана капитан-командора Авраама Рейса, один за другим убирали паруса… А шведские корабли спокойно ушли от погони. После этого из-за невозможности снять с мели линейный корабль «Рига» был подожжен, а эскадра, забрав его команду, взяла курс на Кронштадт,

Погоня за шведским отрядом, обещавшая быструю и полную победу, обернулась тяжелым и обидным поражением. Петр 1 был в гневе и распорядился передать дело в суд, но отложить рассмотрение дела до закрытия морской кампании на Балтике. После окончания войны на скамье подсудимых было трое: вице-адмирал Корнелий Крюйс, капитан-командоры Вэйбрант Шельтинг и Авраам Рейс. Следствие установило, что поднятый Крюйсом на корабле "Риге" сигнал "Курс ведет к опасности", предупреждавший остальные корабли эскадры о находящейся впереди мели, был прочитан Авраамом Рейсом, как сигнал прекращения погони…

Дело адмирала Крюйса с печатями участников суда над ним.

Оказалось, что адмирал Крюйс поднимал сигнальные флаги согласно своду голландскому, англичанин же капитан-командор Рейс читал эти сигналы по своду британскому. Поначалу все офицеры судом были приговорены к смерти. Но окончательный приговор, вынесенный Петром Первым провинившимся флагманам, был достаточно легок. Вице-адмирал Корнелий Крюйс отстранялся от командования флотом и отправлялся на жительство в Казань. Капитан-командор Шельтинг был переписан в младшие капитаны с оставлением при корабельной службе, а капитана-командора Рейса лишили всех чинов и сослали навечно в далекий заснеженный Тобольск.

Сделав выводы из этого происшествия, Пётр Первый поручил генерал-адмиралу флота Ф.М. Апраксину упорядочить сигналопроизводство, сделать его более удобным и понятным. В результате в 1716 году в редком печатном варианте (на русском и голландском языках) вышел соответствующий свод с «авторским указанием». В нём определялось более чёткое обозначение (количественное, цветовое, погодное, временное и т. п.) корабельных и галерных сигналов.

В 1742 году контр-адмирал Калмыков закончил переработку книги с устаревшей системой сигналов. Важность этого труда была в том, что он разработал особую систему кодификации приказов командующих, с помощью которой командиры судов принимали и распознавали эти приказы, и при необходимости передавали их своим передним или задним мателотам (соседним кораблям в строю).

Безусловно, что от такой правильной подачи и распознавания сигналов командующего флотом или отдельной эскадрой зависели безопасность плавания, правильность движения флотов (эволюций), слаженность действий команд в бою и в целом успех сражений.

Нужные сигналы воспроизводили с помощью разноцветных флагов с определённым количеством номеров, вымпелов, парусов в различном положении, а также с помощью фонарей и пушечных выстрелов в ночное время.

Адмиралтейский совет был доволен работой капитана-командора Калмыкова. И уже в 1742 году, в ходе войны со Швецией императрица Елизавета Петровна санкционировала всему флоту пользоваться книгой «Генеральные сигналы для надзирания, когда оба флота Ея Императорского Величества, то есть корабельной и галерной, купно в кампании будут». А через три года под руководством Л.С.Калмыкова вышло новое, дополненное сигнальными кодами издание.

Надо отметить, что один из лучших учеников Калмыкова – Нагаев продолжил дело своего учителя и в 1756 году представил в Адмиралтейство следующее издание «Генеральных сигналов», в котором были откорректированы накопившиеся ошибки и изменения свода сигналов.

После окончания военных действий, в мае 1744 года, Денис Спиридонович, назначают присутствовать на заседаниях Адмиралтейств-коллегий в качестве эксперта по морским делам.

Корабельные и сигнальные флаги, утверждённые в 1720 году.

Не будучи царедворцем, прижиться в Петербурге он не сумел и скоро попросил императрицу Елизавету Петровну о возвращении его в Кронштадт. Просьба была уважена. А в начале 1745 года его опять назначают Главным Командиром Кронштадтского порта.

Контр-адмирал Денис Спиридонович Калмыков «окончил полезную жизнь свою» – в Кронштадте, 22 мая 1746 года, где и был похоронен со всеми воинскими почестями.