К утру 27 июня в Шербуре остался единственный крупный очаг сопротивления – военно-морской арсенал, где был развернут штаб генерала Саттлера. Американцы намеревались атаковать этот мощный укрепленный комплекс силами трех батальонов 47‐го пп. Но оставалась надежда, что неоднократно транслируемые по радио и через громкоговорители сообщения о сдаче в плен генерал Шлибена хоть немного снизят боевой дух защитников. Тем не менее, солдаты полковника Смити приготовили достаточно взрывчатки и бангалорских торпед.
Ответа на американские призывы сложить оружие не последовало. Зная по опыту, что противник порой нуждается в формальном поводе для капитуляции, полковник решил для начала выдвинуть к воротам Арсенала один взвод роты «А» в сопровождении «Шермана». Но американский отряд встретил огонь пулеметов и двух зенитных орудий, размещенных на стене у ворот. Пришлось срочно бросать на выручку пару танков, которые в ходе короткой дуэли выбили оба орудия и обеспечили пехотинцам возможность отступить. Стало ясно, что без штурма не обойдется. Полк приступил к окончательному развертыванию. Журнал фиксации телефонных и радиопереговоров 47‐го пп передает напряжение последних часов осады Арсенала:
«08:39. Артнаблюдатели просят отложить артподготовку, поскольку над Арсеналом замечен белый флаг. К воротам выслан патруль.
08:40. Что‐то странное происходит в Арсенале. Синий 6 [позывной артнаблюдателя] видит немецких солдат, очевидно невооруженных, которые идут через крепостной вал. Ворота в комплекс открыты.
08:50. Патруль подошел к воротам, никакого встречного огня.
08:55. Патруль входит. Все огневые задачи отменены. 1‐й и 3‐й батальоны докладывают о белых флагах над Арсеналом. Требуется спешная помощь саперов, чтобы восстановить взорванный мост и обеспечить доступ техники в комплекс.
09:10. Генерал Эдди не хочет, чтобы войска входили в Арсенал, пока не будет проведена проверка на предмет мин и ловушек. Дивизия отправляет в форт четырех пленных с условиями капитуляции.
09:25. Капитан Джексон [офицер разведки дивизии] и четверо пленных вошли в Арсенал. Все батальоны получили приказ сформировать боевые патрули. Генерал Эдди требует, чтобы никто не входил в комплекс, пока ситуация не прояснится. Полковник Смити, тем не менее, прямо сейчас движется к воротам форта.
09:47. Из Арсенала выходят сдавшиеся в плен. Их уже более 50 и это только начало.
09:56. Полковник Смити вошел в Арсенал, чтобы начать переговоры с комендантом, очень упрямым и несговорчивым. В форте остаются изолированные группы, которые готовы сопротивляться. Комендант не желает капитулировать, пока не будет продемонстрирована сила. Танки и истребители танков выдвинуты ко всем входам в Арсенал.
10:10. Полковник Смити лично выводит старшего немецкого командующего из Арсенала».
Этим командующим был генерал-майор Саттлер. Вместе с ним сдались более 400 человек. Но американцы не были уверены, что в укромных уголках Арсенала не скрываются группы отчаянных наци, решивших подороже продать свою жизнь. Так что тщательная зачистка внушительного комплекса длилась много часов. В здании ангара Труа во внутренней части Арсенала солдаты 47‐го пп обнаружили несколько сотен оборванных и грязных рабочих, вывезенных из стран Восточной Европы на принудительные работы. Примечательно, что Саттлер отказался сдаваться полковнику, и генералу Эдди пришлось срочно выехать к Арсеналу, чтобы принять формальную капитуляцию заместителя коменданта Шербура. Как и Шлибену, Саттлеру предложили подписать капитуляцию всего немецкого гарнизона на Котантене, но он отказался, по той же причине, что и его начальник. Но в защиту Саттлера можно сказать, что, в отличие от фон Шлибена, он не имел ни полномочий, ни возможности отдать приказ прекратить сопротивление. После того, как 24 июня он перебрался из бункера у деревни Сен-Совёр в Арсенал, штаб Саттлера полностью лишился контроля над ситуацией в городе.
Капитуляция Арсенала поставила точку в уличных боях за обладание Шербуром, но в разных частях порта, а также на волнорезах в гавани еще оставались немецкие отряды, которые также требовалось ликвидировать. Поначалу возникла некоторая заминка, поскольку наземные силы и флот не могли достичь консенсуса в вопросе, чьей зоной ответственности является гавань. Флотское командование полагало, что покончить с немцами здесь должны солдаты Коллинза, а пехотные командиры рассчитывали, что гавань станет головной болью моряков. На то имелись все основания, поскольку к большинству фортов подобраться с суши было невозможно. Только рано утром 28 июня была предпринята первая попытка разведать ситуацию. Небольшой отряд коммандера Квентина Уолша пробрался через Арсенал на территорию доков с намерением оценить фактическое состояние портовой инфраструктуры. Тут и там они натыкались на группы немецких солдат и моряков, большинство из которых, завидев вооруженных до зубов американцев, выходили с поднятыми руками. Спустя два часа число пленных превысило 500 человек. Выделяя все больше и больше бойцов для конвоирования и охраны сдавшихся, отряд Уолша сократился до шести человек. При допросе одного разговорчивого немецкого моряка выяснилось, что в форте дю Хомет содержатся в качестве заложников пленные американские парашютисты. Уолш направил к форту парламентера и вскоре ему самому предложили прибыть в дю Хомет для переговоров. Комендант форта упорно не желал сдаваться, и тогда Уолш заявил, что располагает почти тысячным отрядом морских пехотинцев, которые готовы начать атаку, чтобы освободить своих братьев из ВВС. Когда они ворвутся в форт, ни о какой пощаде уже не будет и речи. Блеф сработал, и гарнизон вышел наружу с белым флагом, ведя с собой 50 парашютистов, которым не посчастливилось в день «Д» ошибочно высадиться на Котантене.

Орудийный бункер R650 с 75‐мм французским орудием М22–24 (f), который являлся частью батареи, расположенной на пирсе перед Морским вокзалом Шербура.

Вид с высоты птичьего полета на форт дю Фламэ 29 июня 1944 года.
Несколько фортов внешней и внутренней гавани продолжали обстреливать территорию порта, и с этим нужно было что‐то делать. Подобраться к ним было непросто. Хватило самой поверхностной разведки, чтобы убедиться, что гавань кишит минами. От гражданских специалистов, которых немцы под принуждением привлекли к операции по выведению порта из строя, американцы получили следующую информацию: «Все входы в гавань сильно минированы. Гражданские ныряльщики докладывают, что гавань и внешние волнорезы чрезвычайно опасны – полно мин, как электрического типа, так и с замедленным взрывателем. Механизмы управления ими предположительно размещены в фортах Эль Уэст и Пэле. Ответственному за них (предположительно, это гражданское лицо) приказано привести мины в действие, когда в гавань войдут суда союзников».
После капитуляции Арсенала комендант гавани фрегатен-капитан Ганс Витт вместе с восемью офицерами и отрядом наиболее верных матросов переправился на яхте и двух моторных китобойных ботах в форт Эль Уэст на волнорезе Диг ду Ларж и объявил его последним оплотом сопротивления в Шербуре. Помимо Эль Уэст на двухкилометровом волнорезе внешней гавани размещались еще два однотипных форта, построенные в эпоху Наполеона, – Сэнтраль и Эль Э. Гарнизоны всех трех фортов готовы были сражаться, особенно после того как Витт усилил их своими людьми. В ночь с 27 на 28 июня Витт связался по радио с командующим военно-морскими силами на Западе и доложил, что под его контролем находится устройство для детонации большого минного поля, блокирующего вход в гавань Шербура. Он активирует его, когда все остальные возможности сопротивления будут исчерпаны. Немецкая пропаганда немедленно обнародовала героическую историю Витта и – вольно или невольно – обеспечила американцев информацией о позиции Витта и его людей, и о необходимости разобраться с ними как можно скорее. Форты были вооружены 7,7‐дюймовыми британскими зенитными орудиями, брошенными в 1940 году во время эвакуации британского экспедиционного корпуса. Гарнизоны располагали также 20‐мм и 37‐мм зенитными пушками и несколькими 50‐мм орудиями на поворотных лафетах. Стены толщиной два метра делали форты практически неуязвимым для артиллерии, а каждый из пяти уровней (два над водой и три ниже уровня воды) был забит боеприпасами, провизией и водой. Форты могли держать многодневную осаду, и требовалась взвешенная комбинация дипломатии и силы, чтобы вынудить их гарнизоны сложить оружие.

Вид с высоты птичьего полета на форт Эль Э – один из трех фортов на внешнем волнорезе Диг ду Ларж.
28 июня несколько торпедных катеров при поддержке эсминца «Шабрик» предприняли попытку разведать ситуацию у волнореза Диг ду Ларж. Они обстреляли форты из пулеметов, не причинив никакого вреда, и сами попали под ответный огонь. В какой‐то момент из‐за близкого разрыва снаряда катер PT-521 лишился хода, и десять долгих минут его экипаж возвращал к жизни заглохший двигатель, пока сопровождавший его РТ-520 ставил дымовую завесу. Затем катера и эсминец ретировались, не добившись никаких видимых результатов. Чуть позже все форты в гавани подверглись атакам с воздуха, и пехота 7‐го корпуса приступила к штурму. Западная часть гавани была зачищена на удивление быстро, но в восточной ее части форт Де Пэле продолжал досаждать американцам, мешая заняться укреплениями на волнорезе. В полдень 1‐й батальон 12‐го пп получил задачу захватить форт, и его временный командир майор Джонсон отправил солдат на поиски переправочных средств, поскольку подобраться к форту можно было лишь по воде. Тем временем несколько истребителей танков М10 приступили к обстрелу форта. Когда с большим трудом удалось найти несколько лодок, и штурмовая рота приготовилась пуститься в опасное путешествие через забитую минами гавань, майор Джонсон предпринял последнюю попытку убедить гарнизон прекратить сопротивление. Немецкий офицер вступил с ним в переговоры и сообщил, что комендант готов капитулировать, но сделает это ночью, поскольку опасается огня фортов с волнореза. В ночь с 28 на 29 июня 45 немецких солдат гарнизона Де Пэле перебрались на лодках через гавань и сдались американцам.

Джи-ай принимают капитуляцию форта Эль Уэст – последнего оплота сопротивления в Шербуре под командованием фрегатен-капитана Ганса Витта.
Пришло время разобраться с фортами на Диг ду Ларж. Некоторое время по приказу майора Джонсона с крыши форта дю Фламэ световой азбукой Морзе передавались призывы прекратить бессмысленное сопротивление. За этим последовала попытка переправить на волнорез штурмовой отряд, но лодки были встречены пулеметным и орудийным огнем. Наблюдавший за штурмом генерал-майор Бартон вышел из себя и приказал хорошенько обработать форты артиллерией дивизии. Несколько часов 155‐мм гаубицы осыпали волнорез снарядами, и, хотя пробить стены им было не под силу, содержащийся в некоторых снарядах белый фосфор вызвал пожар в форте Сэнтраль. Подгоняемый флотом генерал Коллинз запросил помощь авиации и едва осели поднятые налетом пыль и дым, над крышей форта Эль Э показался белый флаг. Спустя полчаса пал и форт Эль Уэст, что поставило точку в сражении на волнорезе. Командир роты «А» капитан Глен Торн с десятком солдат переправился на лодке в форт Эль Уэст и стал очевидцем любопытной церемонии. Гарнизон построился в линию и салютовал своему раненому командиру Гансу Витту. Позже фрегатен-капитан объяснил, что во время налета осколками шрапнели и отколовшегося от стен бетона были ранены несколько офицеров, включая и его самого. Но что более важно, таким же образом был разрушен генератор, питавший устройство инициации минных полей. С этого момента продолжение сопротивления потеряло всякий смысл.
Вслед за городом, гавань Шербура перешла под полный контроль американцев. Официальная история 313‐го пехотного полка описала этот важный момент кампании в Нормандии с несвойственной для армейского документа художественностью: «В потрясенном и разрушенном Шербуре наступила долгожданная тишина. Пыль улеглась, и последняя выпущенная пуля закончила свой смертельный полет. Ослабшие пальцы американцев дотянулись, наконец‐то, до дрожащего горла немецкого сопротивления в городе, и последний пульс нацистов перестал биться»