За земли Приамурья разгоралось соперничество между русскими отрядами и Китаем, и в 1682 году император Сюанье (новой маньчжурской династии – Цин) решил принять меры против русских поселений. К тому времени Албазин, наряду с Нерчинском, стал крупным центром русского влияния на Амуре, за тридцать лет с момента основания превратившись из дикой Амурской казачьей «сечи» в гарнизонный город. В начале лета 1685 года значительная цинская армия (5 тыс. человек пехоты с огнестрельным оружием, купленным у католиков, и 10 тыс. конницы) на кораблях речной флотилии двинулась от Айгуна вверх по Амуру. В Албазин было послано два казака из отряда Мыльника с указом Лифаньюаня (учреждения по связям с вассальными землями): от русских под угрозой смерти требовали немедленно уйти с Амура. 10 июня 1685 года цинская флотилия появилась вблизи Албазина. В этот момент к нему подходили плоты со спешившими укрыться за крепостными стенами 40 жителями деревень с верховий Амура. Маньчжурские корабли обстреляли плоты из пушек и захватили их, пленив крестьян. Началась осада Албазина с гарнизоном в 300 казаков.
Два последующих дня цинские войска строили вокруг Албазина осадные сооружения, позиции для артиллерии. Напротив северной крепостной стены были установлены наиболее мощные «ломовые» пушки. Когда они открыли огонь, оказалось, что бревенчатые укрепления Албазина, предназначенные для защиты от туземных стрел, не выдерживают попаданий из тяжелых орудий. По словам очевидцев, бывали случаи, когда китайские ядра прошивали город насквозь, одновременно пробивая и северную, и южную стену. В результате вспыхнувших пожаров в Албазине полностью сгорели хлебные амбары и церковь с колокольней. Была подбита одна из трех русских пушек. Жертвами маньчжурских обстрелов стали около 100 человек.
В Нерчинске воеводой Иваном Власовым был подготовлен отряд на помощь Албазину: 100 человек с двумя пушками. Дополнительно на помощь осажденным спешил и отряд из западносибирских острогов под командованием Афанасия Бейтона, однако его войско в Забайкалье оказалось связанным боями с монголами и поэтому опоздало. Ранним утром 16 июня 1685 года «богдойского царя люди», то есть цинские войска, начали общий штурм. Защищавшие Албазин гарнизон и люди «всякого звания» не давали маньчжурам преодолеть окружавшие крепость ров и вал и забраться на полуразрушенные укрепления. В 10 часов вечера маньчжуры отступили в свой лагерь. Лантань отдал приказ готовить новый штурм. Маньчжуры заваливали крепостной ров хворостом, так что русские решили, что их готовятся сжечь вместе с городом. Отогнать противника от стен албазинцы не могли, так как у них подошли к концу запасы пороха.
Воевода Алексей Толбузин обратился к Лантаню с предложением вывести гарнизон и жителей из Албазина в Нерчинск. Цинское командование настаивало на уходе русских в Якутск, считая, что Нерчинск также находится на маньчжурских землях. Однако Толбузину удалось настоять на отступлении вверх по Амуру, что было для русских гораздо предпочтительнее, чем переход через горный хребет в Якутию. 26 июня 1685 года крепость была сдана, а Толбузин с людьми отправился в Нерчинск, не имея запасов еды, питаясь по дороге кореньями и ягодами. 45 крестьян из деревень с верховий Амура, захваченных маньчжурами на плотах на Амуре при попытке укрыться в Албазине, были вывезены в Пекин, где они образовали русское поселение. Их потомки – албазинцы – благодаря поддержке Русской духовной миссии сохранили до наших дней православную веру, хотя в остальном стали полностью китайцами. Лантань уничтожил строения Албазина и, считая свою миссию выполненной, отошел к Айгуну. Там был оставлен гарнизон в 500 человек, остальные цинские войска ушли по реке Сунгари на юг – в Маньчжурию.
В конце июня 1685 года в Нерчинске собрались и бывшие албазинцы, и опоздавшее к ним подкрепление. Не желая себе «побежную славу из Албазина учинить», русские решили попытаться вернуть себе город. В середине июля из Нерчинска вниз по Амуру был послан русский разведывательный отряд. Узнав, что цинские войска покинули разрушенный Албазин и даже не сняли посевы в окрестных деревнях, воевода Толбузин при поддержке нерчинского воеводы Власова немедленно организовал поход для восстановления главной русской крепости на Амуре. Заранее выслав вперед 200 конных казаков Бейтона, 27 августа 1685 года на пепелище Албазина прибыл на стругах сам Толбузин с войском из 314 служилых людей и 55 промысловиков и крестьян, которые до зимы отстроили заново город и несколько деревень. Таким образом, несмотря на трудную военную победу, цинскому Китаю не удалось вытеснить русских из Приамурья, и в следующем, 1686 году военные действия были продолжены новой обороной Албазина.
Сразу после возвращения началось строительство крепости, способной противостоять цинской осадной артиллерии. Вместо привычных для Сибири бревенчатых стен за глубоким рвом новый Албазинский острог окружили земляные валы, в центре которых находились засыпанные срубы. Толщина валов достигала 4 сажени (8,5 м), высота была в 1,5 сажени (более 3 м). На гребне вала были оборудованы боевые позиции, укрепленные обмазанными глиной плетеными фашинами. На речной стороне для наблюдения построили традиционную бревенчатую башню. Для лучшего обстрела с укреплений их линия была сделана ломаной, с выступами «бастеями» (бастионами).
По одной версии, идея подобных укреплений принадлежала заместителю воеводы Толбузина Афанасию Бейтону (принявшему православие прусскому офицеру), знакомому с западноевропейской фортификацией. Однако русские казаки применяли земляные укрепления против оснащенного тяжелой артиллерией противника еще с начала XVII века (например, при очень успешной обороне Кром от царских войск в 1605 г.); деревянно-земляные укрепления ранее использовались и на Амуре в боях с маньчжурами при обороне Кумарского острога в 1655 году. Албазин был оснащен мощной по сибирским меркам артиллерией – тяжелая мортира, стрелявшая пудовыми ядрами, восемь медных пушек и три легкие затинные пищали. Артиллерией руководили два опытных московских пушкаря. Имелось достаточное количество боеприпасов – 112 пудов пороха и 60 пудов свинца. Благодаря тому что удалось собрать богатый урожай 1685 года, продовольствия в крепости должно было хватить на два года защитникам города из более 500 человек. В состав которых входили как служилые казаки, так и промысловые люди и крестьяне.
17 апреля 1686 года цинский император Канси на аудиенции полководцу Лантаню дал указания по ведению военной кампании: взять Албазин, но на этот раз не разрушать его, как в прошлом году, а укрепить как базу для дальнейшего наступления на Нерчинск. Для перевозки на Амур 5-тысячной цинской пешей армии с артиллерией и провиантом потребовалось 150 речных судов. Другая часть войска (до 20 000 конницы) двигалась берегом, для чего было привлечено 30 тысяч лошадей. В Албазин были направлены пленные с «прелестными письмами», предлагавшими русским покинуть город. На собранном круге албазинцы приняли общее решение: «Един за единого, голова в голову, а назад де без указа нейдем». Высланные вниз по Амуру караулы заранее сообщили о приближении вражеских сил. Крестьяне из окрестных селений укрылись в Албазине; табун из 500 лошадей был отогнан в тайгу. 7 июля 1686 года на Амуре у Албазина появился цинский флот; началась высадка войск на берег. Воевода Толбузин решил помешать ей и послал часть своих сил на вылазку, которой руководил Бейтон. Атака казаков, поддержанная пальбой с крепостных валов, внесла расстройство среди высаживавшихся цинских войск. Потребовалось личное вмешательство Лантаня, чтобы привести маньчжурские силы в порядок и оттеснить русских обратно в крепость.
Лантань ожидал, как и в 1685 году, быстро сломить сопротивление защитников Албазина непрерывным артиллерийским обстрелом, но тот не давал результата; китайские ядра вязли в земляных валах. Однако от бомбардировки албазинцы несли потери, всего от обстрелов в городе погибло за лето около 40 человек. Среди первых из них был сам воевода Алексей Толбузин. 12 июля он наблюдал за противником из башни, когда влетевшее ядро оторвало ему ногу; через четыре дня воевода скончался. Командование гарнизоном перешло к Афанасию Бейтону. В ночь на 14 июля цинские войска устроили общий штурм с приречной и северной стороны, однако албазинцы не только отбили приступ, но и сами сделали вылазку, дойдя до вражеского лагеря у речного берега.
Лантань принял решение готовиться к долгой осаде. Для цинского войска вокруг Албазина было устроено четыре осадных городка из землянок. Русскую крепость на расстоянии 400 м со всех сторон окружили траншеями и валами (в том числе вал был и за Амуром). За валами были устроены «раскаты» – насыпные возвышения, на которых устанавливались тяжелые орудия для обстрела внутрикрепостного пространства. Всего у маньчжур было 15 тяжелых «ломовых» орудий, способных простреливать весь Албазин. Защитники вынуждены были укрываться от их огня в подземных убежищах, все строения в городе были разрушены. Пять раз албазинцы устраивали вылазки, успешно применяя в них тогдашнюю военную новинку – гранаты («ручные ядра»). Особенно успешной была вылазка в ночь на 16 августа, когда русские едва не захватили главную северную осадную батарею. Во время вылазок было убито, по русским данным, до 150 маньчжур; сами русские потеряли 20 человек. 1 сентября маньчжуры устроили масштабный штурм всеми силами, который закончился для них неудачей; чтобы взорвать крепостной вал, рылся подземный ход, но русские его обнаружили и заблаговременно взорвали сами. Наступила осень, приближалась зима. Из-за ледохода маньчжуры были вынуждены поставить свои суда в затон. Из-за прекращения речного сообщения у цинского войска сразу же возникли проблемы с продовольствием. У русских в Албазине хлебных запасов было довольно, но вспыхнула эпидемия цинги, от которой к осени уже умерли 50 человек. Маньчжуры подбрасывали в крепость грамотки с предложениями свободно выпустить русских из крепости либо принять их «с честью» на свою службу.
В октябре 1686 года маньчжуры устроили последний и самый ожесточенный штурм. К крепости двигали два «дровяных» вала, чтобы засыпать ими ров и поставить вровень с валами. С таких подвижных валов цинские войска могли бы сбить с крепостных укреплений защитников и ворваться в крепость. Русские вновь устроили вылазки и подожгли один вал, второй был взорван при помощи подкопа. Часть дров досталась русским, которые использовали их для обогрева. В результате боев к началу зимы погибло около ста русских, гораздо тяжелее были потери от болезней – из-за цинги умерли 250 человек. К декабрю в Албазине оставалось в живых всего 150 казаков, из которых только 45 могли нести караульную службу, остальные «оцынжали» и лежали больными. Сам Бейтон из-за опухших ног передвигался на костылях. Осада приняла характер борьбы на выносливость, стойкость и истощение. Цинские войска несли потери в боях и от голода. Всего, по русским данным, основанным на показаниях пленных, «на приступех де под Албазиным побито китайских и мунгальских людей тысячи с полторы и больши». Общие потери цинских войск оцениваются в 12,5 тыс. человек.
Окончательно Албазин был покинут русскими только после подписания Нерчинского договора в 1689 году, по статье 3 которого город подлежал «разорению до основания», при «клятвенном обязательстве» самих Цинов не заселять «Албазинские земли». Последнее явилось достигнутым российской стороной завуалированным ограничением суверенитета Китая на левом берегу Амура. И кроме того, показав высокое качество своих войск, русские взамен за уступку Албазина стали настаивать на торговых льготах в закрытом от иностранцев Китае. Москва считала это важнейшей задачей. Казачьим и стрелецким начальником разъяснили, что выгоднее не завоевывать Китай, а вынудить его открыть свой рынок для России.
Послом со стороны России был русский дипломат Ф.А. Головин, который должен был: установить границу с Китаем по Амуру, если же не получится, то по реке Зее и Быстрой; потребовать компенсацию за разрушение Албазина; установить прочные торговые отношения. Местом переговоров был выбран город Нерчинск, где в 1687 году они и начались. Под давлением превосходящих по силе и численности в 50 раз китайцев, с одной стороны, и лютых в бою русских казаков, с другой, Головину удалось в 1689 году подписать Нерчинский трактат, по которому город Албазин был срыт. Но тем не менее были установлены торговые отношения. То есть договорные торговые отношения, дающие возможность свободной торговли, что позволило считать эту миссию удачной.
Е.П. Силин считает, что «…Головину перед отъездом к границе Китая было дано тайное указание, в силу которого он уполномочен был идти на уступки по ликвидации укреплений Албазина, ставшие страшными для китайского правительства, лишь бы установить торговые связи с Китаем». Дело в том, что это был первый случай, когда Китай вступал в официальные равноправные переговоры с европейской державой. Переговоры велись не только под давлением 25-тысячной армии китайского богдыхана, поддерживаемой артиллерией и речной флотилией, фактически осадившими Нерчинск, но и под пристальным контролем иезуитов – испанца Перейро и француза Жербильона, состоявших на службе у династии Цин. Они принимали активное участие в переговорах и наиболее долго и упорно выступали против соглашения с Россией. Но благодаря искусству русских дипломатов, мужеству и угрожающему виду сопровождавших посольство казаков и стрельцов, которых католики описали костоломами и головорезами более страшными, чем пираты Генри Моргана, переговоры завершились заключением мирного Нерчинского договора, который в равной степени был необходим и России, и Китаю. И встал колом в горле Запада, который мог только интриговать и снабжать маньчжур оружием. Но проводить силовые акции (в то время) или предлагать Китаю нечто более выгодное, чем русские меха, решительно не мог. Китайцы считали торговлю с Россией благоприятной, так как русские продавали нужные товары.
Здесь в качестве примера неблагоприятной торговли можно сказать про кантонскую торговлю, в ходе которой иностранцы из Западной Европы так и не смогли предложить китайцам действительно интересные для них товары. Что в конце концов привело к «опиумным войнам» Запада с Китаем. Китайцы по обыкновению делали вид, что их не очень интересуют торговые связи с Россией. Однако это было лишь показным моментом, потому как оба государства прекрасно понимали необходимость торговых отношений. В Россию ввозились нужные товары: ткани, сахар, табак, чай, шелк, фарфор. По большей части торговля с Китаем способствовала развитию Сибири, так как многие ввозимые товары (ткани, сахар, табак, чай) в большом количестве оседали и там. Китай первым делом ждал меха, моржовый клык. В Сибири также развивались направленные на китайский рынок предприятия, мануфактуры. Поскольку производился также вывоз скота из Сибири в Китай, то это поднимало скотоводство, что, в свою очередь, способствовало поднятию земледелия. Также развивались судостроение и промысел под названием «извоз». Важным следствием торговли с Китаем является и развитие торговых отношений со Средней Азией и Европой. Россия скупала на рынках Средней Азии товары (такие как овчина, кожа, скот), затем часть перепродавала китайцам в Кяхте. Китайцы были заинтересованы в ввозе сукна из Западной Европы (из Германии, Франции, Голландии, Англии). Россия, в свою очередь, вывозила немалое количество китайских товаров в Среднюю Азию и Европу.