В далеком Египте, во времена правления фараона Рамзеса I в долине потерялся юный принц Тамино. Его преследует злой змей. Тамино зовёт на помощь и в конце концов падает в обморок от избытка чувств и ужаса.

На сцене бесшумно появляются три дамы. Это феи Царицы ночи. Они убивают злодея-змея и не могут глаз отвести от юноши. Они совершенно очарованы красотой Тамино, лежащего в обмороке. Феи решают поспешить к своей госпоже – она должна немедленно узнать о забредшем в их владения красавце.

Стоит феям уйти, появляется главный комедийный персонаж оперы – Папагено, птицелов. Его сопровождает весёлая мелодия в народном стиле. Папагено рассказывает, что любит ловить птиц, но лучше бы ему было поймать себе жену. При этом он подыгрывает себе на дудочке.

Тамино постепенно приходит в себя. Папагено сообщает принцу, что именно он спас его от страшного змея, прикончив мерзкого аспида. За эту наглую ложь птицелов был немедленно наказан вернувшимися феями: они запирают его рот на замок.

Феи показывают Тамино портрет прелестной юной девушки – дочери Царицы ночи. Её похитил злой колдун. Тамино должен помочь им и безутешной матери спасти её. Принц тут же влюбляется в девушку, изображённую на портрете.

Сотрясаются и раздвигаются горы, появляется сама Царица ночи, она сидит на троне и в драматичной и невероятно трудной арии рассказывает принцу о своей дочери Памине и обещает отдать её Тамино в жены, если тот освободит красавицу.

Тамино соглашается найти и спасти Памину. Три феи вручают принцу волшебную флейту, звуки которой способны укротить и усмирить самые злые силы. А что же птицелов Папагено? Он будет сопровождать принца в его путешествии и поисках. Птицелову дают музыкальные колокольчики, они тоже волшебные, как и флейта, и защитят Папагено от всех напастей.

Прекрасная Памина находится во дворце главы тайной и могущественной египетской религиозной касты Зарастро. Её охраняет мавр Моностатос. Это он похитил Памину, угрожая ей смертью. Моностатос в очередной раз упрашивает девушку подарить ему свою любовь. В этот самый момент в покои Памины случайно забредает Папагено. Он и Моностатос ужасно напуганы друг другом, их встреча выглядит необычайно комично. В конце концов мавр Моностатос убегает, Памина и Папагено остаются одни. Птицелов тут же рассказывает девушке, что на свете есть прекрасный юноша-спаситель, он любит её и скоро придёт, чтобы освободить из плена. Памина в свою очередь уверяет Папагено, что и он скоро найдёт себе подругу.

Принц Тамино блуждает в роще у храма Зарастро. Тамино ведут трое пажей. Это гении храма, они ободряют его, но не отвечают на вопросы. Тамино остаётся один в роще перед тремя храмами. Он пытается войти в каждую из дверей.

От входа в два храма его предостерегает голос, звучащий из-за дверей, но вот, отворяется третья дверь, и появляется сам верховный жрец Зарастро. Из разговора со жрецом Тамино узнает, что Зарастро вовсе не злодей (а ведь принц думал иначе!) и его возлюбленная Памина где-то рядом и жива. В благодарность за эти сведения Тамино играет чудесную мелодию на волшебной флейте. Неожиданно он слышит звуки дудочки Папагено и устремляется к нему навстречу.

Появляются Памина и Папагено. Их преследует комичный злодей Моностатос, он хочет заковать Памину в цепи. В напряжённый момент Папагено вспоминает о своих волшебных колокольчиках. Он играет на них, и чудесная мелодия, напоминающая звуки детской музыкальной табакерки, заставляет слуг-мавров и самого Моностатоса плясать.

Памина и Папагено исполняют очаровательный дуэт. Его прерывают доносящиеся звуки торжественного марша: приближается суровый Зарастро со свитой. Он прощает девушке попытку к бегству.

Врывается Моностатос с принцем Тамино, который тоже был схвачен. Моностатос требует от Зарастро награды, но получает ту, которую заслужил: семьдесят семь ударов палкой за свою дерзость.

Тамино и Памина торжественно готовятся исполнить обряды посвящения. Этот обряд определит, достойны ли они друг друга.

В пальмовой роще верховный жрец Зарастро сообщает остальным, что Тамино избран для того, чтобы жениться на попавшей к ним Памине, но сначала пара должна доказать, что она достойна вступить в Храм Света.

Два жреца дают последние наставления и предупреждают принца и птицелова, чтобы они были начеку и не поддавались на женские уловки, ведь именно в женщинах корень всех человеческих бед.

От Царицы ночи являются три дамы. Они грозят им ужасной судьбой. Папагено вступает с ними в разговор, тогда как умный принц Тамино не поддается этому искушению. Он выдерживает испытание молчанием…

И вот, новая сцена оперы. Роскошный сад, Памина спит в увитой розами беседке. Комичному мавру Моностатосу удалось избежать наказания, и он снова около Памины и пытается поцеловать её. В этот момент появляется Царица ночи. Моностатос тут же исчезает.

Царица Ночи требует от дочери, чтобы она собственноручно убила жреца Зарастро, вкладывает ей в руку кинжал.

Когда Царица Ночи исчезает, возвращается Моностатос. Но Памине снова удается спастись от его домогательств, на сей раз благодаря приходу Зарастро. Памина молится, а верховный жрец Зарастро объясняет ей, что в стенах этого храма нет места для мести, только любовь связывает здесь людей…

Тамино и Папагено в просторном зале. Их наставляют два жреца. Они налагают на юношей обет молчания и твердят о том, что, если они его нарушат, их накажут громом и молнией.

Принц Тамино – послушный и разумный юноша, он молчит, а вот птицелов не может удержать язык за зубами. Появляется уродливая старая ведьма, она говорит, что ей только что исполнилось восемнадцать и у неё есть возлюбленный. Ведьма не успевает назвать своё имя «Папагена», как гремит гром, сверкает молния, и она мгновенно исчезает. Вслед за ведьмой на сцене оказываются три мальчика, они преподносят принцу и птицелову еду, питье, а также флейту и колокольчики, которые у них были отобраны.

Приходит очаровательная Памина. Она ничего не знает об обете молчания и очень расстроена, поняв, что принц не желает с ней разговаривать.

Завершается первое испытание молчанием. Второе испытание – разлука. Тамино говорят, что он должен попрощаться с Паминой навсегда. И он покидает её. А вот Папагено не выдерживает испытание: и оказывается в заключении. Чтобы получить свободу, он должен жениться на старой ведьме, которая вновь появляется перед ним. Папагено соглашается, и старуха оборачивается красоткой Папагеной. Но они пока не могут вступить в брак – птицелов должен заслужить свою жену.

Тем временем Памина хочет умереть, ведь принц Тамино отверг её. Но три мальчика-гения успокаивают девушку.

У принца начинается последнее испытание: пройти сквозь огонь и воду. Появляется Памина, она хочет пойти вместе с ним. Волшебная флейта поможет им.

Наказанному же Папагено три мальчика напоминают о волшебных колокольчиках, которые должны помочь вновь обрести возлюбленную. И ему это удаётся. Пара счастлива.

Последнюю попытку предпринимает Царица ночи: она обещает свою дочь комичному мавру Моностатосу, если тот вместе с тремя её фрейлинами уничтожит храм. Но они не успевают этого сделать, их поражают гром и молнии, которые вызвал Зарастро.

Наступает день, пропадает власть Царицы. Исчезает мрак, восходит солнце. Жрецы славят доброту и ум верховного жреца Зарастро и венчают Тамино и Памину коронами Мудрости и Красоты.