Хотя курши атаковали Ригу в 1201 и 1210 годах, Альберт Буксхеведенский, считая Курляндию землями Вальдемара II Датского, не хотел проводить против них крупномасштабную кампанию.
После смерти Альберта в 1229 году крестоносцы мирно покорили Ванеман (уезд со смешанным ливонским, осельским и куршским населением в северо-восточной части Курляндии), заключив с ними договор в 1230 году. В том же году папский вице-легат Балдуин из Алнеи аннулировал это соглашение и заключил соглашение с правителем (рексом) Бандавы в центральной Курляндии, передав его королевство в руки папства. Балдуин стал папским делегатом в Курляндии и епископом Земгалии; однако немцы пожаловались на него Римской курии, и в 1234 году папа Григорий IX удалил Балдуина с поста своего делегата.
После поражения от жемайтийцев и земгалов в битве при Сауле остатки братьев-мечников были реорганизованы в 1237 году в подразделение Тевтонского ордена. Он стал известен как Ливонский орден. В 1242 году крестоносцы под предводительством магистра Ливонского ордена начали военное завоевание Курляндии. Они разбили куршей на юге, вытеснив войска до крепости Эмбуте, что недалеко от современной границы с Литвой, и основали свою главную крепость в Кулдиге. В 1245 году папа Иннокентий IV выделил две трети завоеванной Курляндии Ливонскому ордену и одну треть Курляндскому епископству.
В битве при Дурбе в 1260 году войска жемайтов и куршей одолели объединенные силы Ливонского и Тевтонского орденов, однако в последующие годы крестоносцы постепенно покорили куршей и в 1267 году заключили мирный договор, в котором оговаривались обязанности и права их побежденных соперников.
Непокоренные южные части их территорий (Цеклис и Мегава) были объединены под властью Великого княжества Литовского.
Завоевание земгальских уездов началось в 1219 году, когда крестоносцы из Риги заняли Межотне, главный порт на водном пути Лиелупе. После нескольких безуспешных кампаний против языческого земгальского герцога Виестардса и его жемайтийских родственников Римская курия в 1251 году решила упразднить епископство Семигалии и поделила его территории между епископством Риги и Ливонским орденом. В 1265 году в Елгаве, на Лиелупе, был построен каменный замок, который стал главной военной базой для нападений крестоносцев на земгалов. В 1271 году было завоевано столичное городище Тервет, но земгалы под властью князя Намейсиса восстали в 1279 году, а литовцы под Трайденисом разбили силы Ливонского ордена в битве при Айзкраукле. Воины князя Намейсиса безуспешно атаковали Ригу в 1280 году, в ответ на это в 1281 году около 14 тысяч крестоносцев осадили Турайдский замок. Чтобы завоевать уцелевшие земгальские городища, магистр ордена построил замок под названием Хайлигенберг в 1287 году рядом с замком Тервете. Земгалы предприняли еще одну попытку покорить Ригу, но снова не смогли ее взять. По возвращении домой ливонские рыцари напали на них, но потерпели поражение в битве при Гарозе, в которой погибли магистр ордена Виллекин и по меньшей мере 35 рыцарей. Новый магистр ордена организовал последние кампании против земгалов в 1289 и 1290 годах; городище Добеле и другие были захвачены, и большинство земгальских воинов присоединились к жемайтийским и литовским войскам.