С ослаблением центральной власти, уже не способной, как в прежние времена, контролировать любые несанкционированные общественные движения, выяснилось, что «дружная семья народов» (как называла полиэтническое население СССР официальная пропаганда) совсем не дружная. Помимо национально-освободительных движений, направленных против центральной власти, возникли и очаги межэтнической напряженности — где-то вновь разгорелись угли старинной вражды, где-то образовались новые проблемы.

Армянско-азербайджанский антагонизм, который еще в начале ХХ века был искусственно создан царскими чиновниками, использовавшими принцип «разделяй и властвуй», в 1988 году возродился сначала в Карабахе, области со смешанным населением, а потом в бакинском регионе, где исстари жило много армян, и принял форму погромов.

В мае-июне 1989 года произошли кровавые столкновения в Ферганской долине между узбеками и месхетинцами.

Год спустя в Оше несколько сотен человек погибли в ходе киргизско-узбекского конфликта.

В Грузинской ССР с 1989 года образовалось две зоны напряжения: между грузинами и абхазцами, а также между грузинами и осетинами.

В Казахстане обострились отношения между местным населением и выходцами с Северного Кавказа, в Молдавии — между молдаванами и гагаузами.

Все «национальные вопросы», застарелая болезнь российской империи, воспалились до предела.