Причиной для гонений на евреев стало недовольство Сталина новым государством Израиль. Это был крупный просчет сталинской внешней политики. Вождь, помнивший времена, когда евреи составляли основной кадровый ресурс Коминтерна, активно поддержал проект создания в Палестине еврейского государства. Расчет был на то, что у Москвы появится на Ближнем Востоке плацдарм для экспансии в этом важнейшем регионе. Но когда в 1948 году Израиль — в значительной степени благодаря Сталину — появился на карте, сразу же оказалось, что ориентироваться на СССР эта страна не намерена. Особенное возмущение у Сталина вызвал энтузиазм, охвативший советских евреев при создании национального государства.
Осенью 1948 года начались репрессии против «Еврейского антифашистского комитета» — общественной организации, которая в годы войны собирала деньги на оборону в США, Канаде и Великобритании у представителей еврейского сообщества, и сумела привлечь более 30 миллионов долларов. Самого известного из руководителей комитета, знаменитого театрального режиссера Михоэлса, тайно убили, остальных арестовали и впоследствии почти всех расстреляли.
Вскоре после этого развернулась борьба с «безродными космополитами» (официальный эвфемизм, использовавшийся вместо слова «евреи») во всех сферах культуры, где было много деятелей еврейского происхождения. Начали с театральных критиков, потом перекинулись на художников, литераторов, музыкантов, кинематографистов, архитекторов. Арестовали четыреста с лишним человек, во много раз больше было выгнанных с работы и вычищенных из профессии.
В последние месяцы жизни диктатора юдофобия вышла на еще более воспаленный уровень. Возникло «Дело врачей-вредителей», якобы планомерно убивавших своих пациентов, руководителей партии и правительства. Большинство арестованных медиков были евреями.
Имеются сведения, что Сталин собирался по своему обыкновению репрессировать всех советских евреев — выслать их на Дальний Восток.
Как и другие безумные проекты старого диктатора, этот был ликвидирован сразу после смерти «отца народов».