Правя страной, Василий III держался отцовских заветов.
Он еще выше поднял сакральность верховной власти, держа приближенных в трепете. Имперский посол Сигизмунд фон Герберштейн, дважды побывавший в Московии, сетовал на запуганность русских вельмож, которые на всякий вопрос отвечают заученной формулой: «Про то ведают Бог и Государь».
По отцовскому примеру Василий обходился и с родней. Ивану III всё же пришлось выделить младшим сыновьям пусть небольшие, но собственные владения — поступить иначе означало бы сломать древнюю традицию. Но все эти территории находились поблизости от Москвы, где присмотр за удельными князьями был проще. Жениться братьям Василий запретил, чтобы по их смерти все земли вернулись в великокняжеское владение. Юрий Дмитровский, Дмитрий Уг-лицкий и Семен Калужский не разочаровали государя — умерли нестарыми и потомства не оставили. Зажился на свете лишь Андрей Старицкий, которому старший брат позволил-таки жениться, когда сам наконец обзавелся наследником. (Потом сын Василия добьет и род князей Старицких).
Уничтожил государь и последний островок относительной автономии — Псковскую республику. В отличие от Новгорода этот рудимент вечевой демократии просуществовал еще несколько десятилетий, ибо всегда был послушен Москве. Псков управлялся назначенными из столицы наместниками, вел себя тихо, и всё же нарушал своим существованием стройность новой государственной системы. В 1509 году Василий назначил туда сурового правителя, кажется, еще и специально поручив ему всячески тиранить горожан. Когда же псковитяне прислали всеподданнейшую жалобу на чинимый произвол, государь повелел всем недовольным приехать: он-де каждого рассудит по справедливости. Обрадованные горожане собрали большую делегацию, которая по прибытии вся была арестована. Так при помощи коварства Василий изолировал всех активных протестантов. Но этим он не удовлетворился, а по отцовскому рецепту, примененному в Новгороде, еще и выселил несколько тысяч псковских семейств: всё высшее и среднее сословие. Освободившиеся земли были розданы московским служилым людям.