Начало войны положило резкий конец этому соглашению. Мало того что пограничный контроль был еще более ужесточен, администрация, вдохновленная опасениями относительно пятой колонны, прибегла к политике массовых интернирований. 4 сентября, всего через день после объявления войны, администрация, еще при премьерстве Даладье, приказала интернировать всех мужчин из Великой Германии в возрасте от 17 до 50 лет, а вскоре этот возрастной ценз был расширен до 65 лет. В результате около 18 000 центральноевропейских жертв Третьего рейха, большинство из которых с энтузиазмом записались на военную службу во Франции после принятия декретных законов в апреле 1939 года, были объявлены враждебными иностранцами и помещены под строгий полицейский надзор в один из примерно 80 лагерей для интернированных, разбросанных по всей стране. Конечно, даже в таких условиях силы, выступавшие за либерализацию, продолжали действовать, и к весне 1940 года большинство интернированных было освобождено для службы – либо в Иностранном легионе, либо в качестве prestataires на гражданской военной службе (в России сейчас это называется альтернативной гражданской службой – это особый вид трудовой деятельности в интересах общества и государства, осуществляемой гражданами взамен военной службы по призыву. – Примеч. ред.). Тем не менее, когда в мае 1940 года нацисты вторглись в Бенилюкс, правительство повторно интернировало этих людей, теперь уже включая женщин в возрасте до 65 лет, а также около 10 000 дополнительных беженцев из Бенилюкса, которые перешли границу, спасаясь от гитлеровских войск.

При режиме Виши жесткая политика в отношении беженцев, уже находившихся в стране, достигла апогея в виде решения Лаваля выдать еврейских беженцев немцам летом 1942 года. Лаваль оправдывал это решение тем, что, поскольку США неоднократно отказывались принять этих беженцев из рук Франции, у него не было другого выбора, кроме как передать их немцам. Однако даже при Виши, по крайней мере до лета 1942 года, силы, выступавшие за более либеральную политику, продолжали действовать, хотя и в условиях ограничений.