Малоросский сепаратизм XVIII века имел и религиозные основания. Формально Малороссия была православной. Однако среди малоросского духовенства латентно существовало два течения — латинское и протестантское. Одно опиралось на идеи, почерпнутые из литературы католической направленности, другое — протестантской. Следовательно, и перспектива реформ в религиозной и общественной жизни виделась в соответствии с этими двумя платформами. Собственной же платформы в развитии православного учения в малоросской духовной среде выработать не удалось. И такая ситуация была вполне объяснима для региона, только включенного в состав России. Наличие латинской и протестантской групп обнаруживалось и во властной элите[57].

Малоросское духовенство к концу XVII века считалось более образованным, чем великорусское, и для этой оценки имелись реальные основания. Центром подготовки кадров священнослужителей в Малороссии еще со времен ее нахождения в составе Речи Посполитой выступал Киево-Могилянский коллегиум. Но вместе с современными знаниями распространялась и антиправославная пропаганда.

Малоросских священников можно было бы назвать группой модернистов. Такая группа была объективно необходима Петру I для реализации курса реформ. В целом для реформ во все времена нужны кадры, не связанные с прежней традицией устроения. Для реформирования государственной и общественной жизни Петр I опирался на немцев так же, как для реформирования церковной — на малороссов. Опираться на немцев в религии он не мог, на греков, по-видимому, не хотел. Оставались наиболее европеизированные из православного духовенства малороссы.

Динамичный приток малоросского духовенства начался с 1686 года. Тогда было получено согласие от патриарха Константинопольского Дионисия IV на передачу Киевской митрополии в подчинение Московскому патриархату. Считается, что это решение определялось началом новой Русско-турецкой войны и возникавшими в связи с этим угрозами. Константинопольский патриарх, резиденция которого находилась в столице Османской империи, оказывался в двойственном положении, возглавляя паству враждебных Турции территорий. Передача Киевской митрополии Московскому патриархату снимала, как казалось, эти противоречия и облегчала коммуникации с епархиями[58].

Впрочем, переход в Московский патриархат и без Русско-турецкой войны являлся делом времени. Гетманщина уже более 30 лет входила в состав Московского царства, и то, что подчинение Киевской митрополии Константинополю находилось в противоречии с новыми реалиями. Основанием задержки являлась неурегулированность отношений с Польшей, по-прежнему претендовавшей на Киев. Но в 1686 году «Вечный мир» с Польшей был подписан, Россия за 146 тысяч рублей выкупала Киев, и формальные препятствия к передаче Киевской митрополии Московскому патриархату оказывались устранены. Пройдут годы, и в 2018 году решение Дионисия IV будет отменено константинопольским патриархом Варфоломеем. В конце же XVII — начале XVIII века присоединение Киевской митрополии выглядело в реальности как присоединение российской иерархии к иерархии малоросской. Все ключевые посты в объединенной церкви со временем заняли выходцы с Украины.