Немало мастеров, ученых, художников, прибывших из разных стран, благодаря императору-меценату навсегда поселились в чешской столице. Именно при Рудольфе II Прагу стали называть «золотой». Город стремительно изменялся: появлялись новые церкви, дворцы, фонтаны, парки, скульптуры, дороги и улицы.

Рудольфу II удалось собрать в Праге одну из лучших в XVI столетии коллекцию художественных ценностей. Но замкнуться в мире прекрасного и долго продолжать меценатскую деятельность ему не дали. Жестокая реальность разрушала мечты и грезы императора.

Война с Турцией, распри между католиками и протестантами, неурожайные годы в стране, межнациональные конфликты, рост государственного долга, честолюбивые устремления и недовольство родственников его политикой обострили болезнь Рудольфа II.

Его младший брат Матиаш в начале XVII века открыто заявлял претензии на императорскую корону. К нему примыкали все больше сторонников из дворян, богатых торговцев, военных предводителей и церковных деятелей.

В 1609 году восстание в Чехии вынудило Рудольфа II подписать грамоту, предоставлявшую протестантам свободу вероисповедания. К тому времени он уже уступил Венгрию, Моравию, Верхнюю и Нижнюю Австрию своему младшему брату. Число его приверженцев постоянно уменьшалось, а приказы не исполнялись.

В 1611 году Рудольф II был вынужден отречься в пользу Матиаша и от чешского трона. Болезнь его прогрессировала. И спустя почти год после отречения экс-император — покровитель науки и искусств — умер. Похоронили его в Пражском граде в храме святого Вита.