После триумфа победы на Неве Александр Ярославич неожиданно, в том же 1240 году, оставляет Новгород. Принято было считать, что причиной стал конфликт с новгородской элитой в отношении новгородских вольностей. Но для такого конфликта было не очень подходящее время. Немцы начали наступление фактически синхронно со шведами, с задержкой буквально в месячный интервал, и в сентябре 1240 года захватили Псков. Александр изгонялся в то время, когда они уже наступали. Следовательно, с их наступлением вероятно и связывалось его изгнание из Новгорода.

По мнению британского историка-слависта, автора книги «Кризис средневековой Руси: 1200–1304» Джона Феннела, Александр был отстранен от власти существовавшей в Новгороде немецкой партией224. С точки зрения развивающей этот взгляд И.О. Сурминой, новгородцы на первоначальном этапе были настроены на мирное урегулирование конфликта с Орденом относительно Пскова. В противоположность им Александр Невский не питал иллюзий о планах крестоносцев и выступал сторонником военного решения. Победили сторонники компромисса225.

Однако через какое-то время стало ясно, что достижение компромисса в религиозной войне невозможно. Осознавшие свою неправоту новгородцы срочно призывают Александра вернуться. По всей видимости, его возвращение состоялось на основе принятия Новгородом определенных выдвинутых им условий (вероятно, ограничения права на отстранение князя).