В мае 2000 года, после избрания президентом В.В. Путина и при формировании правительства Касьянова, старый знакомый Чубайс предложил Улюкаеву стать первым заместителем назначаемого Министром финансов Кудрина. Как представитель Гайдара и Чубайса одновременно, Улюкаев быстро стал считаться главным среди трех первых заместителей Кудрина, хотя занимался прежде всего непрофильной для Минфина денежно-кредитной политикой, осуществляя, по сути дела, неформальное руководство деятельностью Банка России. Патриарх советской и российской банковской системы В.В. Геращенко даже недоумевал по этому поводу: «Я не вполне понимаю, почему за ЦБ все время говорит Улюкаев, а не Игнатьев (председатель Банка России – М.Д.) или Вьюгин (тогда первый заместитель Игнатьева – М.Д.). Вообще-то в нашей истории, когда Минфин был главенствующим (над Центробанком – М.Д.) ведомством – при Витте, при Звереве – денежно-кредитная политика всегда кончалась плохо».

На этой позиции Улюкаев пробыл все время правительства Касьянова, – до самого панического увольнения последнего в феврале 2004 года, когда (вероятно, в том числе и для его хоть какого-то официального обоснования) была запущена непроработанная и непродуманная административная реформа. Она была наскоро переписана с разрозненных обрывков западных документов, от которых даже окружение Ельцина отказалось в 1997 году в силу их заведомой неадекватности, и погрузила правительство в бюрократический паралич на весь 2004 год.

Одним из ее элементов стало сокращение числа заместителей гражданских Министров до двух человек (в Минфине их было 12); для Улюкаева, лично не связанного с Кудриным и не являющимся профессионалом в бюджетной сфере (как, по-видимому, и в остальных), в Минфине не нашлось места. В результате в апреле 2004 года он был передвинут «на усиление» Центробанка, возглавлявшегося мягким, интеллигентным и лично честным Игнатьевым, – младшим членом либерального клана, не имевшим, насколько помнится, ни серьезных профессиональных знаний, ни собственного политического веса и жившим по принципу «нет бога, кроме Чубайса, и Кудрин пророк его».

Назначение Улюкаева отчасти было вызвано его интересом к банковской деятельности: он был членом Национального банковского совета от правительства (наряду с членством в Федеральной антитеррористической комиссии и правительственной комиссии по нормализации общественно-политической ситуации на территории Чечни, где руководил комиссией по контролю за выделением и использованием средств на восстановление Чечни). Кроме того, в мае 2002 года он был назначен руководителем делегации России в совете Международного банка экономического сотрудничества и в совете Международного инвестиционного банка, а затем в наблюдательный совет Российского банка развития, в совет директоров Внешторгбанка (ВТБ) и госкорпорации «Агентство по реструктуризации кредитных организаций». После превращения последней в Агентство по страхованию вкладов в начале 2003 года возглавил его совет директоров.

Однако главную роль сыграло, по-видимому, то, что Улюкаев на посту первого заместителя Министра финансов, насколько можно судить, de facto уже осуществлял те функции, которые стали его обязанностями de jure после перехода в Банк России.

В Минфине он курировал денежно-кредитную политику, – в Банке России возглавил Комитет по ней, продолжив обеспечивать чрезмерное ужесточение финансовой политики и последовательное удушение российской экономики безденежьем в стиле Гайдара и в целом первой половины 90-х годов.

Как и многого другого в жизни, председатель Банка России Игнатьев побаивался журналистов, и его первый заместитель Улюкаев, регулярно давая комментарии журналистам по актуальным экономическим вопросам, с удовольствием стал «говорящей головой» Банка России.

Смысл произносимого, насколько можно судить, был для него глубоко второстепенным. Рассказывают, что в середине «нулевых» Улюкаев зачитал в Совете Федерации свою прошлогоднюю речь, повергнув в ступор излишне внимательных сотрудников аппарата, которые долго не могли понять, откуда в выступлении высокопоставленного чиновника взялись столь странные показатели.

Но и вполне официально в 2006 году он заявлял о готовности Банка России сделать рубль конвертируемым, осенью 2008 успокаивал страну обещаниями скорого завершения кризиса, а в 2010 году «на голубом глазу» объяснял инфляцию «аномальными погодными условиями» (то есть засухой, спровоцировавшей массовые пожары).

В публичном размещении акций ВТБ в 2007 году поучаствовали родители Улюкаева, бывшего членом его наблюдательного совета: в рамках лимитов, установленных для всех аффилированных лиц, они купили акций банка на 10 млн. руб. каждый.

С декабря 2008 по май 2011 Улюкаев возглавлял совет директоров Московской межбанковской валютной биржи.

В 2006 году он был награжден орденом Почета, в 2010 – орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.

Попутно с государственным управлением Улюкаев занимался преподаванием: с 2000 по 2006 годы был профессором кафедры общей экономики знаменитого Московского физико-технического института, а с 2007 по 2010 заведовал кафедрой финансов и кредита экономического факультета МГУ, возглавлявшегося в то время его бывшим парторгом Колесовым. Улюкаев читал спецкурс для магистрантов с характерно расплывчатым названием «Современная денежная политика и развитие банковской системы».